一、水稻种子低氧发芽力的QTL定位和上位性分析（论文文献综述）
杨梯丰,张子怡,董景芳,周炼,张少红,刘斌,赵均良[1]（2021）在《水稻低温发芽力QTL qLTG3-1基因内分子标记的开发及其在华南籼稻中的应用评价》文中研究指明【目的】挖掘低温发芽力优异基因并加以应用,将是水稻低温发芽力育种取得突破的关键。找到功能基因后,利用连锁或基因内的分子标记开展分子标记辅助选择,将极大提高育种过程中性状选择的效率和准确性。【方法】qLTG3-1（Os03g0103300）是最早被克隆的低温发芽力QTL,存在丰富的等位基因变异。设计合适的分子标记对该基因进行分型,并评价其基因型在华南籼稻中与低温发芽力的关系,将有利于在华南稻区利用该基因开展低温发芽力的分子育种。【结果】依据在qLTG3-1中广泛存在的18 bp变异,设计了基因内分子标记Gltg3-1,该标记能特异区分qLTG3-1等位基因之间的18 bp差异;利用该标记对111份华南籼稻进行基因型鉴定,扩增结果为D带型（有18 bp缺失）有51份,R 带型（无18 bp缺失）有53份,还有7份为杂合型。依据带型将水稻品种/系分为2组,统计2组品种/系的低温发芽力差异,结果表明组间无显着差异。由于在籼稻中无法根据qLTG3-1的18 bp变异判定低温发芽力的强弱,因此在水稻品种改良中需要对不同供体来源的qLTG3-1等位基因的效应进行评价。通过对单片段代换系的低温发芽力鉴定发现,来源于南洋占的qLTG3-1能显着提高华粳籼74的低温发芽力。【结论】在qLTG3-1中广泛存在的18 bp变异与低温发芽力无对应关系;来源于南洋占的qLTG3-1可用于提高水稻低温发芽力的改良,用分子标记Gltg3-1可以在杂交后代中准确地选择目标基因。
张所兵,张云辉,陈海元,林静,汪迎节,朱晓妹,宋春凤,方先文[2]（2020）在《利用重组自交系定位水稻种子低氧发芽力QTL》文中提出鉴定低氧发芽力强的水稻资源,进而挖掘控制低氧发芽的QTL,可以为改良直播稻低氧发芽能力提供材料基础和基因资源。在装满无菌水的10 cm高的离心管中鉴定了云南省籼稻地方品种扎西玛、江苏省优良食味粳稻品种南粳46及包含135个家系的扎西玛/南粳46 RIL群体的低氧发芽力。以28℃黑暗培养7 d的胚芽鞘长度作为低氧发芽力的评价标准。结果表明:在淹水7 d后,扎西玛和南粳46胚芽鞘长度分别为2.92,6.68 cm,二者在P=0.01水平上存在极显着差异。进而对扎西玛/南粳46 RIL群体135个家系低氧发芽力QTL分析发现,在水稻第12号染色体上的RM1300和RM1227之间检测到一个控制低氧发芽力的QTL（qAG-12）。该QTL的LOD值为3.04,可以解释11.24%的表型变异。生物信息学分析表明,qAG-12位于第12染色体上26.00～27.34 Mb的1.34 Mb范围内。该区域共有200多个注释基因,未见已报道控制低氧发芽力的QTL。以上结果表明:扎西玛和南粳46低氧发芽力存在极显着差异;qAG-12是一个新的控制低氧发芽力的QTL。
全瑞兰,扶定,马汉云,霍二伟,沈光辉,郭桂英,王青林[3]（2020）在《水稻种子低温萌发的研究进展》文中研究说明水稻种子低温萌发力差,限制了直播稻的发展。为了促进水稻耐低温育种的研究,培育低温萌发能力强适宜直播的水稻新品种,本文概述了水稻种子低温萌发能力的评价方法;总结了水稻种子低温萌发时细胞膜性质、活性氧代谢、能量供给和激素含量等相关生理代谢的变化;概括了水稻种子低温萌发时依赖ABA信号转导和不依赖ABA信号转导的分子调控机制;综述了水稻低温萌发相关QTL定位和全基因组关联分析的遗传研究。在此基础上,综合分析了当前水稻耐低温萌发研究中存在的问题并提出了相关建议,旨在为水稻耐低温萌发的研究及新品种培育提供参考。
孙志广,王宝祥,周振玲,方磊,迟铭,李景芳,刘金波,Bello Babatunde Kazeem,徐大勇[4]（2021）在《水稻萌发耐淹性种质资源筛选及QTL定位》文中指出萌发耐淹性种质资源的筛选、耐低氧萌发基因的挖掘和利用是选育适宜直播水稻新品种的基础。为简便、高效的评价种质资源的萌发耐淹性,本研究对来自不同年代和地区的191份粳稻种质资源进行了萌发耐淹性鉴定,共获得12份萌发耐淹性强的种质资源,其中连粳15号表现出较强的低氧萌发能力。利用其与籼稻品种黄莉占构建的F2:3分离群体,采用模拟大田的鉴定方法,在水稻1号、3号、9号、10号染色体上共检测到4个QTL,即qGS1、qGS3、qGS9和qGS10。共解释表型变异的70.9%,其中qGS1、qGS3和qGS10,能够被重复检测到,贡献率分别为19.2%～24.0%、12.6%～14.7%、19.1%～20.5%,是稳定表达的QTL位点。这些种质资源和QTL的发现为耐低氧发芽水稻新品种的培育提供了重要的亲本资源、基因资源和标记资源,同时也为选育优良直播稻品种提供了理论依据。
宋佳[5]（2020）在《粳稻萌发期耐冷性鉴定及全基因组关联分析》文中指出近年来,直播稻因其劳动强度低、节省秧田、效率高而备受关注,在全球范围内迅猛发展,已经成为一种重要的栽培方式。水稻在萌发期的耐冷性直接影响水稻直播的出芽率及幼苗建成,进而影响水稻产量。因此,研究水稻萌发期耐冷性遗传机制,发掘和利用耐冷相关基因,培育适合低温地区直播的水稻新品种对于提高水稻生产力具有重要意义。本研究以295份粳稻品种为试验材料,对水稻萌发期进行了耐冷性鉴定,结合重测序获得的788,396个高质量SNP进行GWAS分析,以期获得与粳稻萌发期耐冷性相关的QTL位点,为低温地区直播品种的选择及利用分子育种改良粳稻耐冷性提供理论基础。本文主要结果如下:（1）在低温处理（14℃）和对照（26℃）条件下,对295份粳稻萌发期相对发芽率进行统计分析发现,相对发芽势（LTGP）和相对发芽指数（LTGI）均存在广泛的表型变异,其中LTGP≥80%的材料有32份,LTGI≥80%的材料有35份,两者均≥80%的强耐冷材料有27份,分别为巨大胚、万大陆、芦苇稻、红毛、金钩、陆羽等。（2）利用TASSLE5.0软件的混合线性模型（MLM）对粳稻萌发期耐冷性相关性状进行关联分析,在P≤5.46×10-6水平条件下在水稻第1、4、6、8和10染色体上共检测到9个与水稻耐冷性显着相关的QTL位点。其中,6个QTL或相邻位置上能够检索到已知功能的耐冷性基因。
李冬秀[6]（2019）在《水稻种子耐淹成苗相关性状QTL定位研究》文中研究说明在直播稻生产中,种子在萌发和成苗期常会遭受淹水胁迫而导致减产,因此,探究淹水胁迫下水稻种子耐淹萌发及成苗性状对直播稻增产有重要作用。本研究利用6份材料从生理生化角度解析低氧萌发性状,并结合高密度遗传图谱对包含275个株系的CHA-1/H335的RIL群体开展水稻种子耐淹相关性状QTL定位研究。主要研究结果如下:（1）6份材料在淹水萌发期测定的可溶性蛋白含量、SOD、POD、CAT和AMS酶活性随缺氧时间的增长变化趋势各不相同,无明显规律,但SOD和POD酶活性变化趋势大致相同。（2）在10 cm淹水条件下,CHA-1/H335的RIL群体F6和F7世代定位到耐淹相关QTL共33个,其中耐淹萌发期定位到21个,耐淹芽期12个。分布于第2、3、4、6、7、8、和第10号染色体,通过比对物理位置发现共有19个QTL位点,其中有6个与前人定位在相同或邻近区域,余下13个还未见报道。（3）q SSD-2、q CD-4-1、q CSA-8和q CV-8在两个环境中都能被定位到,其中,q CSA-8和q CV-8的表型贡献率分别为4.41～4.80%和4.09～4.97%,且这两个QTL在同一个位点上,该位点同时控制芽鞘表面积和体积,具有重要研究价值。这些QTL的表达较为稳定,对环境影响不敏感,对于水稻直播育种具有重要的参考价值。（4）共有9个位点表现出QTL位点的多效性,其中的4个未见报道,是新的QTL位点。在第2号染色体上的Block3943-3970和Block3988-3998同时定位到控制淹水萌发期和芽期的QTL（Block3943-3970定位到q CD-2-1和q SSD-2,Block3988-3998定位到q CD-2-2和q SFW-2）,表型贡献率分别为6.77～10.89%和7.46～11.28%,这两个位点对耐淹萌发期和芽期都存在影响;在第10号染色体上Block16658-16661的QTL位点同时控制芽长（q SH-10）和根表面积（q RSA-10）,表型贡献率分别为5.68%和4.05%。该位点同时控制地上部和地下部,具有重要研究价值,可继续进行后续研究。综上,本研究对水稻种子耐淹成苗性状的遗传表现进行解析,利用GBS技术构建高密度遗传图谱,并鉴定出一批尚未报道的重要QTL。为后期培育水稻耐淹品种提供基础用于聚合育种实践,对于提升直播稻育种具有较强的理论和实践意义。
潘招远[7]（2018）在《水稻种子低温发芽力QTL定位及qLTGR3-1的精细定位与转录组分析》文中研究表明水稻直播近年倍受推崇,而保证水稻直播安全的重要条件之一就是种子的耐低温发芽力,所以研究水稻的低温萌发的遗传机理,将有助于提高种子的低温发芽力和培育适合直播的水稻品种,对于水稻的增产及直播的推广具有重要的现实意义。本研究以208份水稻染色体单片段代换系（single segment substitution line,SSSL）为材料,在15℃下对水稻种子低温发芽力数量性状基因座（quantitative trait loci,QTL）进行了鉴定和定位;并对其中一个稳定表达的主效QTL——qLTGR3-1进行精细定位和转录组分析,获得了以下结果:1、2016年早、晚季,208份SSSLs在15℃低温条件下的发芽率呈连续分布,早季发芽率分布在12.7-93.3%之间,晚季发芽率分布在8.7-79.3%之间,表现出典型的数量性状特征。2、以低温发芽率为表型指标,在2016年早、晚季共检测到23份SSSLs与受体亲本HJX74差异显着,通过代换作图共定位了14个QTL,分布在除10、12号的所有染色体上,平均长度为15.84 cM,加性效应在-0.210.22之间,加性效应百分率在-38.4%66.8%之间。其中,早、晚季稳定表达的QTL为qLTGR1、qLTGR3-1、qLTGR5、qLTGR8-2、qLTGR11-1和qLTGR11-2,正效QTL为qLTGR3-1、qLTGR5、qLTGR8-2和qLTGR11-1。3、以携带主效QTL qLTGR3-1的S5和HJX74为材料,调查了种子发育过程中低温发芽力、干鲜重和含水量的变化规律。S5在整个发育过程中表现出比对照HJX74更强的低温发芽力,且在发育35 d时两者的差异达到最大。在发育的早期（10-15 d）,S5种子的干、鲜重要显着高于HJX74;种子成熟后期（30-40 d）,S5则比HJX74表现出更快的脱水速率。4、对S5（携带qLTGR3-1）进行不同逆境的萌发实验,发现S5在常温（30℃）和渗透胁迫（1%和3%甘露糖）条件下发芽率显着高于HJX74,而在高温和高盐胁迫下两者并无明显差异。5、利用S5（携带qLTGR3-1）与HJX74进行回交发展F2群体,并通过在S5的代换片段上开发新的分子标记筛选出12种类型的交换株,自交后发展F3分离群体,并通过F3子代表型与基因型的共分离分析和代换作图,将qLTGR3-1定位在分子标记P7与P8之间大约319 kb的范围,包含有51个候选基因。此外,从F3群体中筛选获得12份代换片段更短的纯合次级SSSL,编号从SS1到SS12,代换片段估算长度在851.22-4214.66 kb之间。6、对抽穗35 d后S5（携带qLTGR3-1）和HXJ74的种子进行干热破除休眠处理,再在15℃低温吸胀5 d后进行转录组研究。基因表达差异分析共检测到692个差异基因,其中表达量下调的基因有315个,上调的基因有377个。KEGG富集分析表明差异基因主要涉及二萜类化合物的生物合成、氨基糖与核苷酸糖代谢、半乳糖代谢、苯丙素的生物合成、淀粉与蔗糖代谢、α-亚麻酸代谢等次级代谢物的生物合成过程,表明qLTGR3-1有可能通过影响二萜类化合物、糖类和氨基酸的代谢来调控水稻种子低温萌发。7、通过精细定位与转录组联合分析,发现精细定位区间内有3个转录组鉴定出的差异表达基因,分别是Os03g0213700、Os03g0214200、Os03g0215400,这些基因是qLTGR3-1重要的候选基因。综上所述,本研究定位了一些水稻低温发芽力QTL,初步揭示了水稻种子活力的遗传基础;对水稻低温萌发基因qLTGR3-1进行了精细定位,并通过转录组测序初步分析了该基因的调控网络,进一步明确了水稻种子低温萌发的分子机制,为qLTGR3-1的克隆及水稻种子耐低温萌发的分子设计育种奠定了基础。
曹微[8]（2018）在《基于SSSLs的水稻种子耐低氧萌发活力的QTL定位》文中提出水稻种子耐低氧萌发是直播水稻种植的一个重要特征,也是解决影响直播稻产量不高不稳及全苗问题的关键,所以耐低氧萌发活力强的种子对于直播栽培均具有重要的意义。本研究以229份水稻染色体单片段代换系（single segment substitution line,SSSLs）为试验材料,在5.1 cm高度淹水低氧胁迫条件下,于30℃/16 h光照/8 h黑暗的培养箱中培养7 d后,以胚芽鞘生长长度为指标定位水稻种子耐低氧萌发相关的QTL（quantitative trait loci,QTL）。主要结果如下:1、本研究以胚芽鞘长度作为低氧萌发表型评价指标,检测了5个季节的材料,2015年早季、2015年晚季、2016年早季、2016年晚季和2017年早季的胚芽鞘的长度范围分别为1.59-3.24 cm、1.49-2.87 cm、1.06-2.87 cm、1.61-3.45 cm和1.05-2.65 cm,胚芽鞘平均长度分别为2.56 cm、2.31 cm、2.30 cm、2.32 cm和2.05 cm,HJX74的胚芽鞘平均长度分别为2.54 cm、2.20 cm、2.28 cm、2.38 cm和2.28 cm。HJX74的胚芽鞘长度范围在2.16-2.56 cm之间,HJX74的胚芽鞘长度大概处于所有SSSLs的中间位置,作为对照材料,有利于对耐低氧萌发（anaerobic germination,AG）QTL的正负效应的分析。2、以胚芽鞘长度为指标,有19个SSSLs至少有两个季节被检测出携带耐低氧萌发QTL,加性效应百分率有正效和负效之分,9个SSSLs表现为正效应,加性效应百分率数值范围为4.3-11.2%;10个SSSLs表现为负效应,其加性效应百分率数值范围为7.2-18.5%。3、本研究的229份SSSLs的代换片段分别来自24份供体亲本,检测到QTL的SSSLs的代换片段分别来自中4188、籽恢100、Katy、苏御糯、IR64、Basmati 370和IRAT 261共7份供体亲本材料,供体来源为籽恢100的SSSLs被检测到QTL的数量最多,在水稻种子耐低氧萌发的研究中或许有重要作用。本研究中检测出19份携带QTL的SSSLs,其供体亲本是籼稻的有13份,供体亲本是粳稻的有6份。4、通过代换作图最后定位到11个耐低氧萌发QTL,包括6个正效QTL（加性效应百分率范围是6.8-11.2%）和5个负效QTL（加性效应百分率范围是12.8-18.8%）。在这11个QTL中,有8个QTL（qAG1、qAG2-1、qAG2-2、qAG5、qAG7-1、qAG7-2、qAG8和qAG9）与前人定位结果有重叠部分,其中qAG9已经被精细定位和克隆,另外3个为本研究新发现的QTL（qAG4、qAG6和qAG11）。5、本研究定位的11个耐低氧萌发QTL在染色体上分布较均匀,第2和7号染色体均有2个QTL,第1、4、5、6、8、9和11号染色体上都只有1个QTL,而3、10和12号染色体上并未检测到水稻种子耐低氧萌发QTL。综上所述,本研究以229份水稻SSSLs为实验材料,初步定位了11个耐低氧萌发QTL,将为培育优良直播稻品种提供更多选择,对于保障粮食安全具有重要意义。
孙凯[9]（2018）在《水稻耐淹成苗性状评价及全基因组关联研究》文中指出在水稻各种生产方式中,直播技术由于具有轻型、高效、节水、省工的优点,正逐渐成为我国水稻轻简高效栽培的理想方式。然而,由于水直播导致的全苗壮苗问题严重影响直播稻产量表现,首要因素就在于直播稻种子萌发时在淹水条件下,处于低氧胁迫环境,不利于直播稻成苗。因此,挖掘具有良好的耐低氧萌发特性的水稻种质具有重要意义。本研究采用234份水稻种质,测量正常条件以及低氧条件的种子活力表型,分析种子耐低氧萌发性状间的相关性;模拟田间浅水层进行耐淹成苗实验,筛选出一批高活力、耐低氧的水稻种质;利用8份直播能力存在差异的材料,考察全生育期农艺性状,分析直播稻的农艺性状以及产量特点;利用简化基因组测序,对耐淹成苗性状进行全基因组关联分析,挖掘潜在的候选基因。主要研究结果如下:1、利用234份种质材料,在正常条件下测量发芽率、发芽势、发芽指数、活力指数、芽长、根长、鲜重以及干重等表型,在低氧条件下测量芽鞘长度、芽鞘直径、芽长、根长、鲜重和干重表型,耐淹成苗实验测量成苗率、苗长、根长、鲜重和干重,并计算秧苗素质指数,通过以上表型性状筛选出一批高活力、耐低氧的种质材料,如“大粒红糯”、“DAYAKON”、“矮脚南特”和“内6优7028”等。2、以实验室正常条件和低氧条件测得的种子活力表型为自变量,以田间秧苗成苗率和秧苗素质指数为因变量,进行相关分析以及多元逐步回归分析,得到成苗率与发芽率、发芽指数以及芽鞘长度极显着相关,并得到秧苗素质指数的回归方程,以此实现通过实验室指标预测田间直播成苗状况。3、对不同密度的直播稻与移栽稻农艺性状和产量特点进行对比,得出直播稻株高更高、根系更为发达、营养生长更旺盛、根系分布浅、分蘖数多、分蘖发生早、分蘖位点低、成穗率低、穗型小、单穗重量小、单穗粒数少、抽穗早、干物质积累量低、SPAD值低等特点。对直播稻和移栽稻的产量进行相关分析、回归分析和通径分析后发现,穗数和单穗重量是影响直播稻产量的最主要原因,增加直播稻成穗率以及选用大穗型品种是提高直播稻产量的关键。4、对与耐淹成苗密切相关的活力指数、芽鞘长、耐淹苗干重等性状进行全基因组关联分析,共鉴定出37个显着关联的位点,筛选出8个与活力指数相关的候选基因,8个与芽鞘长度相关的候选基因,9个与耐淹苗干重相关的候选基因。综上所述,本研究筛选出了一批高活力、耐低氧的水稻种质资源,并挖掘出与直播稻耐淹成苗性状相关的候选基因,为直播稻的研究提供了一定的理论和材料基础。
曹微,王燕,谭斌,刘伟,储莉,潘招远,赵光苗,曹桂元,周玉亮[10]（2018）在《水稻品种直播相关的种子低温和低氧萌发活力评价》文中研究指明提高水稻种子耐低温和低氧发芽能力是解决直播稻全苗问题的有效途径。本研究以23份用于构建染色体单片段代换系文库的水稻亲本为材料,在低温和低氧逆境下进行发芽试验,考察了15个种子活力相关的指标,通过多重比较分析、变异分析、主成分分析和相关性分析等对供试品种进行了综合评价。结果表明,供试水稻品种的各项指标表现出广泛的变异,变异系数为0.100.64,变异系数最大的是15℃第7天的发芽率。通过主成分分析,低温和低氧下分别提取到3个和2个主成分,累计贡献率分别为86.3%和91.8%,两者之间无显着相关性。低温下综合排名前3的品种为W5（籽恢100）、W22（Khazar）和W2（Amol 3）,低氧下综合排名前3的品种为W10（南洋占）、W22和W13（江西丝苗）。据散点图分析,23个品种被分为4类,6个低氧抗性低温感性型,6个低氧抗性低温抗性型,7个低氧感性低温抗性型,4个为低氧感性低温感性型,其中W22在低温和低氧条件下综合表现优良。本研究结果可以为直播稻新品种选育提供参考。
二、水稻种子低氧发芽力的QTL定位和上位性分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、水稻种子低氧发芽力的QTL定位和上位性分析（论文提纲范文）
（1）水稻低温发芽力QTL qLTG3-1基因内分子标记的开发及其在华南籼稻中的应用评价（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.1.1 单片段代换系及亲本 |
| 1.1.2 籼稻品种/系 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 低温发芽力评价 |
| 1.2.2 总DNA提取 |
| 1.2.3 引物设计 |
| 1.2.4 PCR扩增和电泳检测 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 不同qLTG3-1等位基因水稻的低温发芽力比较 |
| 2.2 qLTG3-1基因内分子标记的开发 |
| 2.3 分子标记的筛选 |
| 2.4 Gltg3-1标记对华南籼稻qLTG3-1的检测效果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（2）利用重组自交系定位水稻种子低氧发芽力QTL（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 低氧发芽检测 |
| 1.3 QTL分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 亲本及群体低氧发芽分析 |
| 2.2 低氧发芽QTL分析 |
| 3 讨论与结论 |
（3）水稻种子低温萌发的研究进展（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 水稻种子低温萌发的评价 |
| 2 水稻种子低温萌发的生理变化 |
| 2.1 细胞膜 |
| 2.2 活性氧代谢 |
| 2.3 能量供给 |
| 2.4 激素含量 |
| 3 水稻种子低温萌发的响应机制 |
| 3.1 依赖ABA的信号转导途径 |
| 3.2 不依赖ABA的信号转导途径 |
| 4 水稻低温萌发的遗传研究 |
| 4.1 水稻低温萌发相关QTL定位 |
| 4.2 水稻低温萌发全基因组关联分析(GWAS) |
| 5 展望 |
（4）水稻萌发耐淹性种质资源筛选及QTL定位（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 种质资源 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.3 遗传连锁图谱的构建及QTL分析 |
| 1.4 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 萌发耐淹性种质资源筛选 |
| 2.2 不同年代种质资源萌发耐淹性比较分析 |
| 2.3 连粳15号萌发耐淹性验证 |
| 2.4 萌发耐淹性QTL检测 |
| 2.5 萌发耐淹性QTL的验证 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（5）粳稻萌发期耐冷性鉴定及全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 水稻直播研究现状 |
| 1.2 水稻冷害 |
| 1.2.1 冷害的定义 |
| 1.2.2 冷害的症状 |
| 1.2.3 低温冷害对植物生理代谢的影响 |
| 1.2.4 水稻耐冷性研究 |
| 1.3 水稻耐冷性QTL的研究进展 |
| 1.4 关联分析 |
| 1.4.1 关联分析概述 |
| 1.4.2 关联分析在水稻中的研究进展 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 1.6 技术路线图 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 粳稻萌发期耐冷性鉴定 |
| 2.2.2 SNP基因型获取 |
| 2.3 数据的统计与分析 |
| 2.3.1 表型数据分析 |
| 2.3.2 粳稻萌发期耐冷性状与SNP标记的全基因组关联分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 30份粳稻耐冷性鉴定预实验 |
| 3.2 粳稻萌发期耐冷性鉴定 |
| 3.3 粳稻萌发期耐冷性全基因组关联分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 水稻萌发期耐冷性鉴定方法比较比较 |
| 4.2 与前人研究结果的比较 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
（6）水稻种子耐淹成苗相关性状QTL定位研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 直播将成为未来趋势 |
| 1.1.1 国外直播稻的发展状况 |
| 1.1.2 国内直播稻的发展状况 |
| 1.2 淹涝对水稻生产的影响 |
| 1.2.1 水稻萌发期及苗期淹水的生理变化 |
| 1.2.2 淹涝限制直播稻发展 |
| 1.2.3 高活力种子可抵御直播低氧影响 |
| 1.3 水稻耐低氧相关QTL定位研究进展 |
| 1.4 研究目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 耐淹成苗筛选 |
| 2.1.2 种子低氧萌发生理物质变化 |
| 2.1.3 种子耐淹成苗相关性状QTL定位 |
| 2.2 试验技术路线 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 试验材料田间种植 |
| 2.3.2 田间抽穗期调查及收获 |
| 2.3.3 耐淹成苗筛选 |
| 2.3.4 种子低氧萌发生理物质变化测定 |
| 2.3.5 水稻种子耐淹成苗相关表型调查 |
| 2.3.6 RIL群体遗传连锁图谱构建 |
| 2.3.7 QTL定位和分析 |
| 2.4 表型数据处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 耐淹成苗筛选 |
| 3.2 低氧胁迫下6份材料的生理变化 |
| 3.2.1 低氧胁迫对可溶性蛋白含量的影响 |
| 3.2.2 低氧胁迫对SOD酶活性的影响 |
| 3.2.3 低氧胁迫对POD酶活性的影响 |
| 3.2.4 低氧胁迫对CAT酶活性的影响 |
| 3.2.5 低氧胁迫对AMS酶活性的影响 |
| 3.3 RIL群体耐淹成苗QTL定位 |
| 3.3.1 RIL群体遗传连锁图谱 |
| 3.3.2 RIL群体耐淹相关表型变异分析 |
| 3.3.3 RIL群体低氧环境表型相关分析 |
| 3.3.4 RIL群体耐低氧QTL定位 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 淹水胁迫下种子萌发期生理物质变化 |
| 4.1.2 耐淹QTL定位 |
| 4.2 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录A 耐淹成苗试验材料 |
| 附录B 早造耐淹萌发期及芽期表型数据 |
| 附录C 晚造耐淹萌发期及芽期表型数据 |
（7）水稻种子低温发芽力QTL定位及qLTGR3-1的精细定位与转录组分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩写词及其英文对照 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 种子低温活力在农业生产上的意义 |
| 1.2 水稻种子低温发芽力的QTL定位研究 |
| 1.3 水稻种子低温发芽力基因的精细定位和克隆 |
| 1.4 种子耐低温萌发的生理和分子机理 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 供试材料 |
| 2.1.1 水稻种子低温发芽力QTL定位材料 |
| 2.1.2 qLTGR3-1定位材料 |
| 2.1.3 qLTGR3-1转录组研究材料 |
| 2.2 主要试剂 |
| 2.3 主要仪器 |
| 2.4 水稻田间种植、调查和杂交方法 |
| 2.5 供试材料的基因型检测 |
| 2.5.1 水稻叶片DNA提取 |
| 2.5.2 PCR扩增 |
| 2.5.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.5.4 银染和结果分析 |
| 2.6 水稻种子低温发芽表型鉴定 |
| 2.7 QTL鉴定方法 |
| 2.7.1 QTL的鉴定及命名方法 |
| 2.7.2 QTL加性效应值的估算方法 |
| 2.7.3 QTL定位的代换作图 |
| 2.8 水稻种子发育期间的低温发芽力测定 |
| 2.9 水稻种子不同胁迫下的发芽力测定 |
| 2.10 水稻种子发育期间的干、鲜重测定 |
| 2.11 qLTGR3-1精细定位 |
| 2.11.1 分子标记开发 |
| 2.11.2 定位群体和次级SSSL的构建 |
| 2.12 qLTGR3-1的RNA-Seq分析 |
| 2.13 农艺性状调查 |
| 2.14 数据统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 SSSL种植环境及群体的发芽率分布 |
| 3.1.1 SSSL种植小区环境一致性分析 |
| 3.1.2 水稻种子发育期间的有效积温 |
| 3.1.3 SSSL群体的发芽率分布 |
| 3.2 低温发芽力QTL定位 |
| 3.2.1 鉴定出QTL的SSSL |
| 3.2.2 代换作图和QTL定位分析 |
| 3.2.3 低温发芽力QTL在染色体上的分布 |
| 3.3 qLTGR3-1的精细定位 |
| 3.3.1 HJX74与S5的表型差异 |
| 3.3.2 F_2群体的表型分离 |
| 3.3.3 分子标记的开发 |
| 3.3.4 交换株的鉴定 |
| 3.3.5 代换作图及候选基因分析 |
| 3.4 qLTGR3-1的发育和胁迫生理分析 |
| 3.4.1 种子低温发芽力的发育调控 |
| 3.4.2 主效QTL对非生物胁迫的效应 |
| 3.4.3 携带qLTGR3-1的SSSL农艺性状 |
| 3.5 qLTGR3-1的转录组分析 |
| 3.5.1 转录组的测序质量 |
| 3.5.2 差异表达基因 |
| 3.5.3 差异表达基因GO注释结果 |
| 3.5.4 差异表达基因的KEGG富集分析 |
| 3.5.5 精细定位与表达差异基因共同结果 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 SSSL是开展QTL定位和基因克隆的优良材料 |
| 4.1.2 低温发芽力QTL定位的比较分析 |
| 4.1.3 qLTGR3-1影响种子低温萌发的可能分子机制 |
| 4.2 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 A 转录组的测序质量 |
| 附录 B 硕士期间发表论文 |
（8）基于SSSLs的水稻种子耐低氧萌发活力的QTL定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 文献综述 |
| 1.1 水稻直播现状及问题 |
| 1.2 水稻种子耐低氧萌发的QTL定位研究 |
| 1.3 水稻种子耐低氧萌发活力的生理和分子机制 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 供试材料 |
| 2.1.1 229 份SSSLs代换片段的来源及染色体分布 |
| 2.1.2 229 份SSSLs代换片段的染色体覆盖率 |
| 2.1.3 229 份SSSLs代换片段长度分布 |
| 2.2 SSSLs的田间种植方法 |
| 2.3 SSSLs的基因型验证 |
| 2.3.1 用于分子标记检测的主要试剂 |
| 2.3.2 用于分子标记检测的主要仪器设备 |
| 2.3.3 水稻DNA的提取 |
| 2.3.4 PCR扩增 |
| 2.3.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.3.6 银染和结果记录 |
| 2.4 水稻种子低氧萌发的表型测定方法 |
| 2.5 小区的环境一致性分析 |
| 2.6 QTL的鉴定方法 |
| 2.6.1 QTL的命名方法 |
| 2.6.2 QTL的分析方法 |
| 2.7 QTL的代换作图 |
| 2.8 携带主效QTL材料的表型拍照 |
| 2.9 数据分析方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 田间小区环境对胚芽鞘长度的影响分析 |
| 3.2 SSSLs群体抽穗期的分布 |
| 3.3 低氧条件下胚芽鞘长度的变异 |
| 3.4 胚芽鞘长度与抽穗期的相关性分析 |
| 3.5 鉴定出QTL的SSSLs |
| 3.5.1 2015 年早季检测出携带QTL的SSSLs |
| 3.5.2 2015 年晚季检测出携带QTL的SSSLs |
| 3.5.3 2016 年早季检测出携带QTL的SSSLs |
| 3.5.4 2016 年晚季检测出携带QTL的SSSLs |
| 3.5.5 2017 年早季检测出QTL的SSSLs |
| 3.5.6 5个季节中稳定检测出携带QTL的SSSLs |
| 3.6 代换作图和QTL定位分析 |
| 3.6.1 第1染色体上的QTL定位分析 |
| 3.6.2 第2染色体上的QTL定位分析 |
| 3.6.3 第4染色体上的QTL定位分析 |
| 3.6.4 第5染色体上的QTL定位分析 |
| 3.6.5 第6染色体上的QTL定位分析 |
| 3.6.6 第7染色体上的QTL定位分析 |
| 3.6.7 第8染色体上的QTL定位分析 |
| 3.6.8 第9染色体上的QTL定位分析 |
| 3.6.9 第11染色体上的QTL定位分析 |
| 3.7 耐低氧萌发活力QTL在染色体上的分布 |
| 3.8 QTL供体来源分析 |
| 3.9 携带主效QTL的SSSLs低氧萌发时的表型比较 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 SSSLs是进行QTL定位的优良材料 |
| 4.1.2 本研究建立了水稻种子耐低氧萌发鉴定的高效方法 |
| 4.1.3 QTL的稳定性分析 |
| 4.1.4 本研究与前人定位QTL的比较分析 |
| 4.2 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 附录B |
（9）水稻耐淹成苗性状评价及全基因组关联研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 直播稻现状 |
| 1.1.1 国内外直播稻发展现状 |
| 1.1.2 直播方式 |
| 1.1.3 直播稻的优势 |
| 1.1.4 直播稻的不足 |
| 1.2 水稻种子活力研究进展 |
| 1.3 水稻种子耐低氧能力研究进展 |
| 1.4 全基因组关联分析在水稻中的应用 |
| 1.5 直播稻农艺性状特点 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 水稻种子活力表型调查及耐淹成苗试验材料 |
| 2.1.2 直播稻全生育期性状特点研究材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 试验材料田间种植 |
| 2.2.2 耐淹成苗相关表型调查 |
| 2.2.3 耐淹成苗试验 |
| 2.2.4 全基因组关联分析 |
| 2.2.5 直播稻性状特点研究 |
| 2.3 表型数据处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 耐淹成苗相关表型统计分析 |
| 3.1.1 正常条件下种子萌发表型调查 |
| 3.1.2 低氧条件下种子萌发表型调查 |
| 3.1.3 耐淹成苗表型调查 |
| 3.2 直播相关表型的相关分析 |
| 3.2.1 正常条件与低氧条件的相关分析和方差分析 |
| 3.2.2 正常条件与耐淹成苗典型相关分析 |
| 3.2.3 低氧条件与耐淹成苗典型相关分析 |
| 3.2.4 秧苗素质指数多元逐步回归分析 |
| 3.2.5 成苗率及高活力、耐低氧材料筛选 |
| 3.3 直播稻全生育期性状调查 |
| 3.3.1 全生育期性状对比及方差分析 |
| 3.3.2 全生育期性状相关分析及产量性状通径分析 |
| 3.4 耐淹成苗相关性状的全基组关联分析 |
| 3.4.1 SNP检测结果 |
| 3.4.2 群体结构分析 |
| 3.4.3 耐淹成苗相关性状全基因组关联分析及候选基因筛选 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 解决直播稻全苗问题的高活力、耐缺氧品种筛选 |
| 4.1.2 直播稻农艺性状特点分析 |
| 4.1.3 直播稻产量特点分析 |
| 4.1.4 与直播相关的表型候选基因功能分析 |
| 4.2 结论 |
| 4.2.1 高活力、耐缺氧的水稻种质资源挖掘 |
| 4.2.2 建立田间成苗的回归方程 |
| 4.2.3 不同密度的直播稻性状特点及产量研究 |
| 4.2.4 耐淹成苗相关性状的全基因组关联分析 |
| 4.3 下一步研究设想 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录A 试验材料表 |
| 附录B 品种筛选表 |
（10）水稻品种直播相关的种子低温和低氧萌发活力评价（论文提纲范文）
| 1 结果与分析 |
| 1.1 基于不同活力指标的水稻品种直播性状评价 |
| 1.2 水稻品种直播性状指标的变异分析 |
| 1.3 水稻品种直播性状的主成分分析 |
| 1.4 水稻品种直播性状的相关性分析 |
| 1.5 水稻品种直播性状的综合评价 |
| 2 讨论 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 低温15℃发芽试验方法 |
| 3.3 低温18℃发芽试验方法 |
| 3.4 水稻种子低氧发芽力的测定 |
| 3.5 数据处理与分析 |
| 作者贡献 |
四、水稻种子低氧发芽力的QTL定位和上位性分析（论文参考文献）
- [1]水稻低温发芽力QTL qLTG3-1基因内分子标记的开发及其在华南籼稻中的应用评价[J]. 杨梯丰,张子怡,董景芳,周炼,张少红,刘斌,赵均良. 广东农业科学, 2021
- [2]利用重组自交系定位水稻种子低氧发芽力QTL[J]. 张所兵,张云辉,陈海元,林静,汪迎节,朱晓妹,宋春凤,方先文. 华北农学报, 2020(06)
- [3]水稻种子低温萌发的研究进展[J]. 全瑞兰,扶定,马汉云,霍二伟,沈光辉,郭桂英,王青林. 中国农学通报, 2020(29)
- [4]水稻萌发耐淹性种质资源筛选及QTL定位[J]. 孙志广,王宝祥,周振玲,方磊,迟铭,李景芳,刘金波,Bello Babatunde Kazeem,徐大勇. 作物学报, 2021(01)
- [5]粳稻萌发期耐冷性鉴定及全基因组关联分析[D]. 宋佳. 东北农业大学, 2020(05)
- [6]水稻种子耐淹成苗相关性状QTL定位研究[D]. 李冬秀. 华南农业大学, 2019(02)
- [7]水稻种子低温发芽力QTL定位及qLTGR3-1的精细定位与转录组分析[D]. 潘招远. 华南农业大学, 2018(08)
- [8]基于SSSLs的水稻种子耐低氧萌发活力的QTL定位[D]. 曹微. 华南农业大学, 2018(08)
- [9]水稻耐淹成苗性状评价及全基因组关联研究[D]. 孙凯. 华南农业大学, 2018(08)
- [10]水稻品种直播相关的种子低温和低氧萌发活力评价[J]. 曹微,王燕,谭斌,刘伟,储莉,潘招远,赵光苗,曹桂元,周玉亮. 分子植物育种, 2018(10)