一、我国Colti病毒基因分型的研究（论文文献综述）
田杰[1]（2021）在《云南省瑞丽市不明原因发热病例七种蚊媒病毒病分子流行病学调查》文中研究说明[目的]云南省是我国西南边陲省份,与缅甸、越南、老挝接壤,地域辽阔,自然条件复杂。1975年以来,从云南省蚊虫和/或人血清中新分离鉴定出的病原体有版纳病毒（Bannavirus,BAV）、基孔肯雅病毒（Chikungunyavirus,CHIKV）、辛德毕斯病毒（Sindbis virus,SINV）、巴泰病毒（Batai virus,BATV）、登革病毒（Dengue virus,DENV）。2014年首次报道了从孟加拉输入的寨卡病例。塔希纳病毒（Tahynavirus,TAHV）目前已在我国新疆、青海及内蒙地区分离到病毒株,但云南省及其相邻的东南亚国家至今无报道。本研究首次对德宏州瑞丽市2014-2015年登革流行季采集的不明原因发热病例DENV NS1阴性血清样本进行以上7种病毒的检测,以弄清云南中缅边境瑞丽市不明原因发热病人感染的蚊媒病毒种类,为当地蚊媒传染病防控提供科学依据。[方 法]样本为2014-2015年瑞丽市不明原因发热病例DENVNS1阴性血清样本1738份,-80℃冰箱保存。用Excel软件建立研究样本采集信息数据库并分析数据。采用SPSS 20.0软件的χ2检验进行两样本率的差异分析,P<0.05为差异有统计学意义。采用西安天隆科技有限公司的病毒RNA/DNA提取试剂盒提取病毒RNA。参考文献合成检测7种病毒的引物及探针。经过预实验验证后,对DENV、CHIKV、寨卡病毒（Zika virus,ZIKV）进行三重探针法实时荧光RT-PCR检测,对DENV 阳性样本再按《登革热诊断》WS216-2018合成DENV1-4型特异引物和探针,用实时荧光RT-PCR进行DENV血清型分型。选出部分阳性血清样本用国产（广州万孚生物科技股份有限公司）DENV NS1抗原检测试剂进行抗原检测。采用BAV单检、BAV和TAHV联检、BATV和TAHV联检、BATV单检完成对BAV、TAHV和BATV三种病毒的检测。对SINV采用染料法实时荧光RT-PCR初筛和探针法实时荧光RT-PCR复核检测。DENV、CHIKV、ZIKV和BAV 阳性对照为本实验室保存毒株。在华大基因分别合成含有待扩增SINV、TAHV和BATV基因片段的质粒DNA标准品作为检测SINV、TAHV和BATV的阳性对照。将阳性血清样本接种于C6/36白纹伊蚊细胞进行病毒分离和鉴定。对阳性样本血清或新分离的毒株进行包膜蛋白（Envelope,E）基因和/或全基因组测序,并对测序结果进行同源性和进化分析。[结 果]样本信息:2014-2015年在瑞丽市收集的DENVNS1抗原检测阴性的不明原因发热病例血清标本共计1738份,其中2014年共657份（37.80%）,男 374 份（21.52%）,女 283 份（16.28%）;2015 年 1081 份（62.20%）,男 556份（31.99%）,女525份（31.21%）。最小病例为2月龄,最大96岁,年龄中位数为24岁,其中青壮年组占比最高（36.82%,640/1738）。6～10月采集的样本为1705份（98.10%,1705/1738）。在发病一周内采集的血清样本1250份（71.92%）,其中一周以上采集的血清有19份（1.10%）,有469份（26.99%）发病日期不详。实时荧光RT-PCR:共检出18份DENV 阳性（检出率:1.036%）和1份ZIKV 阳性样本（检出率:0.058%）,未检测到 BAV、BATV、TAHV、CHIKV、SINV。1份ZIKV阳性样本采集日期为2015年10月,患者为本地病例。18份DENV阳性样本包括7份DENV-1阳性样本,其中本地病例6例,均采集于2015年6月,缅甸输入病例1例（采集于2014年10月）;6份DENV-2阳性样本,其中5例为本地病例,分别采集于2015年6月（2份）、9月（1份）和10月（2份）,1例缅甸病例,采集于2015年10月;5份未分血清型,均为本地病例,采集于2015年6月（1份）、8月（2份）和9月（2份）。2014年DENV检出率为 0.15%（1/657）,2015 年 DENV 检出率为 1.57%（17/1081）,经 χ2检验,2014年和2015年的样本DENV检出率有统计学差异（χ2=8.039,P=0.003）。抗原检测:选出8份DENV 阳性样本进行抗原检测均为阴性。病毒分离和鉴定:分离到1株ZIKV,接种到C6/36白纹伊蚊细胞后第3天出现细胞病变（Cytopathic effect,CPE）;分离到 4 株 DENV,其中 2 株为 DENV-1,2 株为DENV-2。这4株DENV中仅1株（试验编号:15RL600）在盲传第三代的第五天出现细胞融合为特征的细胞病变,而其余3株未出现典型细胞病变。测序及进化分析:测序得到1条ZIKV全基因组序列（10804bp）,属于亚洲基因型,与2019年输入云南的缅甸株（2019YNZIKV02）进化关系最近;与2014年从孟加拉和2019年从缅甸输入云南的ZIKV病毒株相同,均在NS1蛋白发生A188V突变,在PrM和NS4B蛋白没有发生S139N和G18R突变。测序得到3条DENV-1 E基因序列（本地病例）,均属于基因1型,与2015年缅甸输入株进化关系最近;测序得到3条DENV-2 E基因序列,均属于亚洲基因型（Asian Genotype）,其中2条序列（本地病例）与1条序列（缅甸病例）均与2015年缅甸输入的DENV-2亲缘关系最近。[结 论]1.首次从云南本地病例中检测和分离到ZIKV,测序获得全基因组序列,该病毒株属于亚洲基因型,与2019年从缅甸输入云南的ZIKV进化关系最近,新分离的ZIKV在NS1蛋白发生A188V突变,表明对埃及伊蚊有高传染性,提示中缅边境有ZIKV寨卡病毒病暴发风险。2.从DENV NS1阴性样本中检出18份DENV阳性样本,提示现场仅采用DENV抗原检测试剂对病例进行诊断会造成DF漏检。3.未检出BAV、CHIKV、BATV、SINV和TAHV阳性样本,但仍需持续调查研究。4.该地区亟待提高临床医师对寨卡病毒病的诊断意识和开展寨卡病毒病的常规监测,并对人群和动物进行血清学调查。对疑似登革热病例需采用抗原和DENV、ZIKV病毒核酸检测方法联检以避免病例的漏检。
凌珏[2]（2021）在《云南玉溪地区虫媒病毒调查及动物血清流行病学研究》文中研究指明[目的]1.了解云南省中部玉溪地区虫媒病毒的种类、分布和流行情况,为该地区蚊传虫媒病毒的防治提供依据。2.了解玉溪地区通海县2株乙型脑炎病毒（Japanese encephalitis virus,JEV）全基因组分子特征和遗传进化特征,为该地区乙型脑炎（Japanese encephalitis,JE）的预防及疫苗接种提供资料。3.了解玉溪地区家养动物中虫媒病毒感染情况。[方法]1.2015年在云南省玉溪地区的通海县、华宁县、江川区、澄江县使用诱蚊灯捕捉蚊虫,蚊虫研磨后接种BHK-21和C6/36细胞进行病毒分离,提取阳性分离物中总RNA、反转录合成第一链cDNA,分别使用多对虫媒病毒属通用引物或病毒特异引物进行RT-PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳分析,阳性产物送测序公司进行测序,采用DNAstar、Mega X等生物信息学软件进行序列分析。2.参照基因I型JEV全基因组序列,使用Primer 5.0软件设计一套JEV全基因序列引物,对通海县2株JEV（HL-3、HL-32）进行RT-PCR扩增和测序,使用 DNAstar 中 Seqman、Megalign,GeneDoc,MegaX 等软件进行序列拼接、同源性分析、差异位点和系统进化分析。3.采用微量中和实验方法（TCID-50）对2019和2020年在玉溪通海县、华宁县和易门县等地区采集家养动物血清进行JEV（HL-3株）和盖塔病毒（Getah virus,GETV）（NM20株）中和抗体检测。[结 果]1.在玉溪4个县区共采集蚊子13050只,分261批进行研磨,95批在金黄色地鼠肾细胞（BHK-21细胞）和/或白纹伊蚊细胞（C6/36细胞）上产生不同的细胞病变,采用多种虫媒病毒引物进行病毒鉴定,鉴定结果显示它们为JEV、版纳病毒（Bannavirus,BAV）、GETV、西藏环状病毒（Tibetorbivirus,TIBOV）、南定病毒（Nam Dinh virus,NDiV）、阿卡斑病毒（Akabane virus,AKAV）、Ngewotan 病毒（Negewotan,NWTV）、广平病毒（Quangbinhvirus,QBV）和淡色库蚊浓核病毒（Culexpipienspallensdensovirus,CppDNV）9 种病毒,其中通海县存在6种病毒35株,华宁县存在6种病毒88株、澄江县存在2种病毒5株,江川区未分离获得病毒。TIBOV和NWTV在3个县区均分离到,NDiV在2个县区分离到,JEV、AKAV和QBV仅在通海县分离到,BAV、GETV和CppDNV仅在华宁县分离到。2.对在通海县分离的2株JEV（HL-3、HL-32）采用16对引物进行扩增,测序、拼接后均获得长度为10965个核苷酸（nt）的基因序列,包含有1个10299nt开放读码框,编码3432个氨基酸（aa）。HL-3、HL-32 2株新分离病毒与基因Ⅰ型JEV核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为93.6%～98.9%和98.0%～99.7%,而与其基因型（Ⅱ型～V型）JEV核苷酸同源性均在90%以下,氨基酸同源性在98.0%以下。遗传进化分析结果显示HL-3、HL-32与基因I-b型JEV位于同一进化簇中,提示这两株新分离病毒为基因I-b型JEV;进一步分析发现2株新分离病毒与云南省近年来流行JEV毒株处在同一较小进化分支内,提示它们之间遗传进化关系较为密切。2毒株全基因序列与JE减毒活疫苗株SA14-14-2存在56个氨基酸差异位点,其中E基因上有12个氨基酸差异位点（结构域12个、结构域Ⅱ7个、结构域Ⅲ2个、结构域外1个）,在8个与毒力相关的位点（E107,E138,E176,E177,E264,E279,E315,E439）上,有6个差异位点。3.在华宁县、通海县、易门县共采集275份猪牛羊血清。HL-3株JEV毒价为10-4.5/100 μL,NM20株GETV毒价为10-7.3/100μL,所有孔未出现细胞保护,玉溪地区采集的血清JEV和GETV中和抗体均为阴性。[结论]1.玉溪通海县、华宁县、江川区、澄江县4个县区分离鉴定出9种虫媒病毒共128株,其分布于不同区县,且各区县流行的虫媒病毒种类不同,表明该地虫媒病毒种类繁多,分布广泛。2.云南省通海县分离的2株JEV与基因Ⅰ型JEV核苷酸和氨基酸同源性最高,且与基因Ⅰ型中的基因Ⅰ-b型毒株位于同一进化簇,为基因Ⅰ-b型JEV。2毒株在E基因上与毒力相关的关键位点中有2个位点发生突变,但结构域Ⅲ的关键抗原未发生改变,SA14-14-2减毒疫苗株仍可用于该地区人群的免疫接种,预防JE的发生和流行。3.玉溪地区采集的动物血清进行JEV和GETV血清抗体中和实验未检测到这两种病毒中和抗体,但2种病毒仍对该地区人和动物有潜在的威胁,需要在该地区人或家养动物中加强这些虫媒病毒监测和检测,及早发现疾病,为该地区乃至云南省虫媒病毒病的防控提供科学依据。
高张晋[3]（2021）在《云南省分离的蝙蝠源呼肠孤病毒基因特征分析》文中指出目的明确云南省不同地区蝙蝠及其体表寄生虫来源呼肠孤病毒的种群分类情况,分析其与同属其他病毒之间的进化关系,探讨我国西南边境地区蝙蝠携带呼肠孤病毒的基本情况以及蝙蝠源呼肠孤病毒对人的潜在致病性。方法本课题组前期从云南省西双版纳州棕果蝠体表吸血昆虫蛛蝇（2株）和德宏州棕果蝠脾脏组织（1株）中分离获得3株病毒分离物,样本编号为MLBC1302、MLBC1313、WDBP1716。为进一步鉴定和明确这3株病毒所处的分类地位,本研究使用RNA提取试剂盒提取3株病毒分离物中的RNA,通过病毒核酸琼脂糖凝胶电泳实验观察病毒的基因组模式,然后设计合成相关引物进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增3株病毒分离物的全基因序列;得到病毒序列信息后先通过Blast在线软件进行序列同源比对,再利用Clustal X（1.83）软件和DNAStar软件包中的Meg Align完成多序列核苷酸和氨基酸同源性分析;对拼接完整的基因节段使用ORFfinder在线工具寻找开放阅读框,并进行蛋白预测;最后使用MEGA7.0软件完成基于Neighbour-Joining（NJ）方法的进化树绘制,Bootstrap值设定为1 000。结果1.病毒提取RNA后直接进行琼脂糖凝胶电泳,3份病毒样本出现几乎相同的电泳条带类型,并且符合正呼肠孤病毒的基因组迁移模式特征。2.通过RT-PCR扩增实验成功获得WDBP1716病毒株几乎完整的全基因序列,以及MLBC1302和MLBC1313病毒株的部分基因序列,经序列同源性比对,他们与正呼肠孤病毒属中的PRV种群成员相似度最高,各基因节段之间存在序列同源性差异,其中WDBP1716病毒株的S1节段是独特的三顺反子,具有与PRV物种成员相似的蛋白编码排列模式,并且编码细胞黏附蛋白σC的氨基酸序列与感染人类的卡姆帕病毒和HK 46886/09病毒株之间的相似度最高,表明其可能具有感染人类的潜力。3.对MLBC1302、MLBC1313、WDBP1716病毒分离株的系统进化分析表明,3个病毒分离株都和PRV病毒种群成员聚在一起,他们主要和云南省沧源县蝙蝠中分离的沧源病毒和马来西亚人类咽拭子标本中分离的马六甲病毒、卡姆帕病毒、西卡马特病毒等密切相关。结论1.云南省西双版纳州勐腊县棕果蝠体表吸血昆虫蛛蝇（2株）和德宏州畹町镇棕果蝠脾脏组织（1株）中分离获得的3株病毒分离物MLBC1302、MLBC1313、WDBP1716被鉴定为PRV种群成员。2.在云南省与东南亚接壤的勐腊和畹町两个边境县地区,蝙蝠携带的正呼肠孤病毒可能与马来西亚感染人的一些正呼肠孤病毒发生了基因重配。3.WDBP1716病毒株的全基因特征分析表明其可能具有感染人类的潜力,应加强我国蝙蝠源正呼肠孤病毒引起人和动物感染的调查研究。
彭红红[4]（2020）在《云南省新蚊媒病毒的发现及其分子特征与人群感染调查研究》文中研究指明虫媒病毒（Arthropod-borne viruses）是可通过吸血节肢动物叮咬敏感的脊椎动物而导致疾病在人畜间传播的一类病毒。目前已经发现的虫媒病毒超过550种,其中130多种,包括100余种蚊媒病毒,被证实对人或动物致病。云南省属热带和亚热带气候,蚊虫种类多、分布广,是蚊媒病毒重要的自然疫源地。经过十余年的不懈努力,课题组已在云南省分离到涉及6个病毒科的20多种蚊媒病毒,多种病毒对人畜具有潜在致病性。本研究以2010-2016年在云南省获得的蚊虫标本未知分离物为研究对象,运用已建立的高通量测序技术平台进行鉴定,并对新发现病毒的分子特征进行研究,以明确其分类学地位。同时对具有潜在致病性的病毒进行人群血清学调查,了解人群感染情况,为进一步研究提供线索。通过高通量测序技术,从112份未知分离物中共鉴定出涉及7个病毒科8个病毒属共25种病毒。12种为首次发现的新病毒或变异株,包括1种新环状病毒、1种新Negevirus病毒、1种版纳病毒变异株、2种Toti病毒变异株、1种Omono river病毒变异株、3种新的弹状病毒以及3种新的未分类RNA病毒。另有3种病毒首次在云南采集的蚊虫中分离到,包括环状病毒属的蓝舌病毒（Bluetongue virus,BTV）,Negevirus病毒属的Ngewotan病毒（NWTV）以及未分类的RNA病毒温州sobemo样病毒4（Wz SV4）。其中三带喙库蚊中鉴定到病毒种类最多（13种病毒）。新分离的环状病毒的VP2基因与CHe RI环状病毒核苷酸序列同源性最高,为73%,氨基酸序列同源性为75%,其次与云南环状病毒、秘鲁马病病毒同源性较高,分别为68%、69%,是环状病毒属的新的病毒种,暂命名为梁河环状病毒（Lianghe orbivirus,LHOV）。新分离的Negevirus病毒属的曼列病毒（Manglie virus,Ma V）,全基因组核苷酸序列与Ngewotan病毒同源性最高,为79%,氨基酸序列同源性为89%,系统进化分析结果显示其与Negevirus病毒属病毒的遗传关系最近,提示为该病毒属的新成员。首次从蚊虫标本中分离到2株蓝舌病毒,基于VP2基因的系统进化分析证实其为血清型2型。新发现的1种版纳病毒（Banna virus,BAV）S1节段的核苷酸序列与以往国内报道的版纳病毒同源性在92%左右,与越南分离株同源性约为83%,提示为版纳病毒变异株。新发现的3种Toti病毒,分别命名为Omono river病毒-YJ（ORV-YJ）、元谋toti病毒（Yuanmou totivirus,YMTV）、永善toti病毒（Yongshan totivirus,YSTV）,基因组结构相似,全基因组核苷酸序列同源性为76%-92%,与其他toti病毒的同源性在65%-93%之间,提示为Toti病毒的变异株。为了解新分离病毒的潜在致病性,我们在云南省4个州（县）收集了1622份自然人群血清,利用间接免疫荧光法（IFA）对版纳病毒、南丁病毒、西藏环状病毒Ig G抗体水平进行了调查,结果显示61份血清版纳病毒Ig G抗体阳性,阳性率为3.8%（61/1622）;49份血清南丁病毒Ig G抗体阳性,阳性率为3.0%（49/1622）;两种病毒阳性血清Ig G抗体效价均为1:80-1:640。未检测到西藏环状病毒Ig G抗体阳性。本研究是在既往研究工作的基础上对云南省蚊媒病毒进行系统调查,发现了多种新的蚊媒病毒,丰富了蚊媒病毒种类。通过人群血清学调查发现了版纳病毒及南丁病毒人群感染的线索,有必要对其致病性做进一步研究。
戴俊斌[5]（2019）在《湖南省吸毒患者感染丙型肝炎病毒基因型特征分析》文中指出目的:1.根据HCV基因NS5B区段设计引物,对湖南省吸毒人群HCV患者的HCV病毒基因进行分型。2.探讨湖南省吸毒人群中HCV基因型的分布特点,为对该人群中HCV阳性者进行精确治疗提供指导和帮助。方法:收集湖南省内14个市州18岁以上、未接受抗病毒治疗、既往HCV抗体阳性的吸毒患者的血浆样本,每市州样本15份,共210份。对收集到的血浆样本分别进行HCV抗体ELISA复检、荧光PCR法定量HCV-RNA检测和基因分型检测。结果:在210名调查对象中,ELISA法复检HCV抗体阳性标本202例,阳性率96.19%;荧光PCR法检出HCV-RNA病毒载量>15IU/m L标本181例,阳性率86.19%。HCV基因型分别为1型18例（9.94%）,2型51例（28.18%）,3型47例（25.97%）,其他型别65例（35.91%）。区域分布以非1型为主,2型和3型普遍分布。结论:湖南省吸毒患者HCV基因型比较复杂,区域分布以非1型为主,2型和3型普遍分布,需进一步研究。
郭晓芳[6]（2014）在《云南省澜沧江流域蚊虫及蚊媒病毒调查研究》文中研究表明云南省是我国蚊类区系和物种分布的核心地带和关键地区，也是我国蚊媒传染病较多的省份。迄今为止，在云南从蚊虫中分离并已鉴定的病毒包括5个病毒科11种病毒，包括披膜病毒科甲病毒属的辛德毕斯病毒、基孔肯雅病毒、盖塔病毒，黄病毒科黄病毒属的乙脑病毒（Japanese encephalitis virus，JEV）、登革病毒（Dengue virus，DENV），呼肠孤病毒科的云南环状病毒（Yunnan orbivirus，YUOV）、Colti病毒、Kadipiro病毒、版纳病毒（Banna virus，BAV），细小病毒科浓核病毒属的浓核病毒，布尼亚病毒科布尼亚病毒属的巴泰病毒。在云南已从15种蚊虫中分离到乙脑病毒。澜沧江在云南省境内1247km，纵贯云南南北。流域面积约90000km2，是我国蚊类区系和蚊种分布的核心地带和关键地区之一。以往开展蚊虫及蚊媒病毒的调查多集中于滇西南边境地区，在滇西北地区开展的调查较少。随着全球气候变暖、人口流动增加、人们的生产生活方式改变以及澜沧江－湄公河国际航运的开通，有必要对云南省澜沧江流域蚊虫分布及其与疾病的关系进行系统的调查研究。2007-2009年，在云南省澜沧江上、中、下流域共选择10个居民点进行蚊虫分布调查，在蚊虫密度高峰季节，采用诱蚊灯法在畜圈和人房内进行夜间捕蚊。并于2010年，在下游地区村寨竹林采集伊蚊。对采集的蚊虫标本用白纹伊蚊C6/36细胞进行病毒分离、分子生物学鉴定和系统进化分析。同时收集疑似病人血清和脑脊液标本进行病毒分离和分子生物学鉴定。调查结果显示，澜沧江流域居民点畜圈共采集到8属40种共计112344只蚊虫。其中构成比在前四位的蚊虫依次是三带喙库蚊（80.26%）、中华按蚊（8.35%）、环带库蚊（5.41%）和纹腿库蚊（2.42%），其余36种蚊虫的构成比均小于1.00%。在人房中共采集到7属32种4427只蚊虫，蚊虫构成比在前四位的蚊虫依次是三带喙库蚊（35.71%）、中华按蚊（27.51%）、纹腿库蚊（10.68%）、骚扰阿蚊（3.55%）。在上游地区畜圈中共采集到6属20种蚊虫，其中构成比在前四位的蚊虫依次是纹腿库蚊（36.47%）、三带喙库蚊（30.63%）、中华按蚊（14.85%）和昆明按蚊（11.63%）。人房中共采集到4属6种蚊虫，构成比在前四位的蚊虫依次是骚扰阿蚊（29.41%）、致倦库蚊（23.53%）、中华按蚊（17.65%）、多斑按蚊和白胸库蚊（11.76%）；在中游地区畜圈共采集到6属28种蚊虫，其中构成比在前四位的蚊虫依次是三带喙库蚊（84.03%）、中华按蚊（6.67%）、环带库蚊（5.49%）和纹腿库蚊（1.26%）。人房中共采集到5属20种蚊虫，构成比在前四位的蚊虫依次是三带喙库蚊（36.15%）、中华按蚊（29.09%）、纹腿库蚊（12.15%）、致倦库蚊（11.82%）；在下游地区畜圈共采集到7属35种蚊虫，其中构成比在前四位的蚊虫依次是三带喙库蚊（77.15%）、中华按蚊（12.53%）、环带库蚊（5.76%）和致倦库蚊（0.90%）。人房中共采集到6属25种蚊虫，排在前四位的蚊虫依是三带喙库蚊（33.59%）、致倦库蚊（19.69%）、中华按蚊（16.60%）、环带库蚊（8.49%）。对云南澜沧江流域10个县采集到的共14706只193组蚊虫标本进行病毒分离，共获得55株有细胞病变的病毒分离物，对11份脑脊液标本、23份发热病人血清进行病毒分离，获得1株有细胞病变的病毒分离物。采用特异引物或通用引物对49株分离物进行RT-PCR鉴定，有40株分离物得到鉴定，仍有9株为未知分离物。40株分离物中包括5科（黄病毒科、披膜病毒科、呼肠孤病毒科、Toti病毒科、Mesoniviridae病毒科）8种病毒（乙脑病毒11株、库蚊黄病毒6株、伊蚊黄病毒6株、盖塔病毒5株、版纳病毒3株、云南环状病毒5株、Toti病毒6株、Alphamesonivirus1样病毒1株），其中蚊虫黄病毒、Toti病毒、Alphamesonivirus1样病毒为云南首次分离到。40株分离物中，有2株同时检测到BAV和Toti病毒、1株同时检测到库蚊黄病毒和Toti病毒。8种病毒主要来自三带喙库蚊、中华按蚊及白纹伊蚊。从三带喙库蚊中分离到7种病毒（JEV、BAV、YUOV、GETV、Alphamesonivirus1样病毒、库蚊黄病毒、Toti病毒），从中华按蚊中分离到3种病毒（JEV、GETV、库蚊黄病毒）。首次从老挝输入病例血清标本中分离到1株登革2型病毒。11株JEV的蚊虫采集地区分布在云南澜沧江流域的上、中、下游地区，澜沧江上、中、下游地区三带喙库蚊乙脑病毒的最低感染率分别为24.63/万、7.15/万和9.02/万。新分离JEV的外膜蛋白（E）基因核苷酸相似性为98.0%～100.0%，氨基酸同源性为99.8%～100.0%，与我国乙脑减毒活疫苗株SA14-14-2的核苷酸相似性为86.1%～86.9%，氨基酸相似性为96.8%～97.2%。系统进化分析显示，新分离10株JEV均属于基因Ⅰ型。从澜沧江上、中、下游地区采集的三带喙库蚊、中华按蚊和白纹伊蚊及未分类伊蚊中鉴定到12株黄病毒。对12株黄病毒部分非结构蛋白5（NS5）基因进行进化分析，库蚊和按蚊与伊蚊分离到的病毒分别位于不同的分枝，库蚊和按蚊中分离到的病毒与库蚊黄病毒（Culex flavivirus，CxFV）进化关系相近，而从伊蚊中分离到的黄病毒与CFA病毒（Cell fusing agent virus，CFA）和Kamiti河病毒（Kamiti River virus，KRV）相近，但位于不同分枝中。在澜沧江中游地区采集的三带喙库蚊中首次分离到6株Toti病毒。对该病毒编码RNA依赖的RNA聚合酶基因的部分氨基酸进行进化分析显示，新分离Toti病毒和尚未分类的病毒Omono River virus AK4株和ToV-TJ株同在一个进化分支。属于Totivirus病毒科尚未分类病毒。在澜沧江中游地区采集的三带喙库蚊中首次分离到1株Alphamesonivirus1样病毒,命名为NDiV-NJ8-09。系统进化树显示，新分离株NDiV-NJ8-09与NDiV02VN178和Cavally virus （CAVV）共同位于同一进化分枝，关系最近，属于套式病毒目（order Nidovirales） Mesoniviridae病毒科。在澜沧江中游地区南涧县采集的三带喙库蚊中鉴定出3株BAV，在澜沧江下游地区采集的三带喙库蚊中鉴定到5株YUOV，在澜沧江上游和下游采集的三带喙库蚊和中华按蚊中鉴定到5株GETV。经BLAST比对显示，分别与以往在云南分离到的相应病毒具有很高的相似性。对新分离的登革病毒MLDENV-09株E基因核苷酸序列进行进化分析，结果显示该病毒株位于2型登革病毒亚洲基因Ⅰ型拓扑群中。与2006年泰国株D2/Thailand/0606aTw的E基因核苷酸相似性为99.6%。本研究首次在云南省澜沧江流域系统地进行了蚊虫和蚊媒病毒的流行病学调查，结果提示云南省澜沧江流域不仅存在蚊种的多样性分布，也同时存在蚊媒病毒的多样性。具体得出以下结论：1.三带喙库蚊和中华按蚊在澜沧江上、中、下游地区畜圈中均是优势蚊种。三带喙库蚊和中华按蚊是澜沧江中、下游地区人房中的优势蚊种。该地区蚊虫种类从高纬度地区向低纬度地区逐渐增多。2.三带喙库蚊是自然感染病毒种类最多的蚊种，从三带喙库蚊中分离到7种病毒（JEV、BAV、YUOV、GETV、Alphamesonivirus1样病毒、库蚊黄病毒、Toti病毒）。其次，从中华按蚊中分离到3种病毒（JEV、GETV、库蚊黄病毒）。本次调查提示澜沧江流域居民点广泛存在虫媒病毒性疾病的媒介。3.在云南首次从三带喙库蚊中分离到蚊虫黄病毒、 Toti病毒和Alphamesonivirus1样病毒，它们的生物学性状与人类疾病关系需进一步研究。4.在澜沧江中游地区分离到BAV，结合以往调查数据，提示BAV在整个澜沧江流域均有分布。JEV在澜沧江流域广泛分布。由于这两种病毒与人类疾病关系密切，提示应加强居民点蚊虫媒介控制措施，以确保居民健康。5. GETV是导致家畜疾病的病原，本次调查提示该病毒在整个澜沧江流域均有分布，提示畜牧部门在相应地区应注意对该疾病的防控。6.首次从邻国老挝输入病例中分离到2型登革病毒。提示应加强云南边境地区出入境人员登革热监测和疑似病人管理，避免因输入而造成本地登革热暴发流行。
金宁一[7]（2014）在《媒介生物与人兽共患病毒病防控》文中研究指明虫媒病毒（Arbovirus）是指由吸血昆虫传播的病毒,其特点是病毒可在昆虫体内繁殖,但昆虫本身不发病,通过叮咬将病毒传播给人、畜,因此虫媒病毒可以引起人畜共患病。国际上已发现537种虫媒病毒,其中130余种可引起人畜疾病,导致发热、皮疹和关节痛、出血热、休克等,严重的可以引起死亡。此外30种虫媒病毒可引起脑炎。虫媒病毒分布世界各地,并可因人群的流动、宿主和媒介的迁移而传播到异地。如裂谷热病毒（Riftvalleyfever virus,RVF）1977年从非洲传入中东造成18000人发病,死亡598例。目前已经证实的传播媒
高晓艳[8]（2013）在《乙脑病毒时空动力学分析》文中指出乙型脑炎（Japanese Encephalitis, JE）,简称乙脑,是目前全世界无可争议的最严重的病毒性脑炎,发病率和病死率高,后遗症严重。乙脑病毒（Japanese Encephalitis virus, JEV）是蚊传虫媒病毒,可以被多种蚊虫携带和传播,猪是其主要的储存宿主,鸟被认为是乙脑病毒的传播宿主,人和马是乙脑病毒的终末宿主。本研究的目的是通过对优势基因型别乙脑病毒进行时空动力学研究分析,寻找乙脑病毒的播散规律和播散特点以及可能影响乙脑病毒传播的因素,预测乙脑病毒将来的分布变化趋势,为全球乙脑的预防控制提供依据。湖北省位于我国中南部,长江中游,每年降水充沛,具有丰富的蚊虫媒介种类。湖北省曾是蚊传虫媒病毒病乙脑的高发地区,湖北省是否还存在其他蚊传虫媒病毒,至今缺乏系统的调查研究。为系统了解湖北省蚊传虫媒病毒的分布情况及其种类,为当地虫媒病毒病的预防控制提供理论依据,本研究在2009年和2010年7-8月份,分别在湖北省的东西南北中挑选武穴市、通城县、恩施州、神农架林区、江陵县和随州市等6个地区进行蚊虫采集,并通过病毒分离和序列分析确定该地区的虫媒病毒种类、分布及分子生物学特征。1.乙脑病毒时空动力学分析本研究首先测定了中国2005-2010年在湖北、重庆、江西、山东、辽宁和云南省新分离的22株基因1型乙脑病毒的E基因序列,其中包括本研究2010年在湖北省新分离的乙脑病毒株,填补了湖北、重庆、江西等亚洲中部区域乙脑病毒的空白,为乙脑病毒时空动力学分析提供了条件。继而利用GenBank下载乙脑病毒序列,最终构建了本研究时空动力学分析所用的涵盖所有乙脑流行区域和多种媒介宿主的优势基因型别乙脑病毒序列数据集,共包括359株基因1型乙脑病毒的E基因序列。本研究采用贝叶斯马尔科夫蒙特卡洛方法对上述数据集进行乙脑病毒的分子进化分析,结果显示分布在不同区域的乙脑病毒形成了相对独立的病毒进化特征,并分别在亚洲最南部地区、亚洲东部沿海地区、亚洲西部地区和亚洲中部地区形成循环。进一步分析发现在以上4个地区形成的独立进化分支中都具有来自最南部地区的病毒,且最南部地区的病毒大都是每个分支中最早分化出来的病毒；另外,每个独立进化分支中最南部地区分离的毒株具有广泛的时间跨度,以上结果说明亚洲最南部地区分离的乙脑病毒既体现了种群多样性又维持了种群稳定性,提示亚洲大陆最南部地区在乙脑病毒向亚洲大陆传播的过程中担当了重要的源泉地区作用。本研究还讨论了乙脑病毒的传播路线,发现乙脑病毒在亚洲存在由南向北的传播特点,主要通过3条传播路线,而三条传播路线分别与候鸟在亚洲的迁徙路线吻合,提示候鸟在乙脑病毒远距离传播中发挥重要的作用。优势基因型别乙脑病毒的种群动态分析显示乙脑病毒在传播和地域播散过程中经历了平缓—快速增长—下降—平缓的种群变化。基于种群动态Skyline plots的时间节点对4个地域循环中毒株的分离时间进行分析,进一步证实了亚洲大陆最南部地区是乙脑病毒的源泉地区。乙脑病毒系统发生分析的结果显示乙脑病毒具有地域分布特征,但也存在毒株地域混合现象,提示乙脑病毒的分布分化机制除了族群结构分化外,还可能存在迁移事件（基因漂移）。因此,为详细地了解乙脑病毒的空间动力学特征,本研究还采用Migraphyla软件对乙脑病毒传播的空间动力学特征进行分析,结果显示乙脑病毒在亚洲的播散存在频繁的迁徙事件,迁徙事件也是促成乙脑病毒地域分布分化的重要方式。更进一步的分析发现,泰国、上海、山东、四川和越南是乙脑病毒重要的迁徙源泉地区。泰国是乙脑病毒向亚洲西部、东亚传播的主要源泉地区；上海维持了乙脑病毒在东亚沿海地区的循环；山东是乙脑病毒从沿海地区向中国内陆地区传播的源泉地区；四川维持了乙脑病毒在中国内陆的循环；而越南则是乙脑病毒从东南亚地区向中国内陆省份传播的源泉。2.湖北省虫媒病毒调查本研究在2009年和2010年的7-8月在分别在湖北省武穴市、通城县、恩施州、神农架林区、江陵县和随州市等6个地区采集蚊虫标本,共采集三带喙库蚊、中华按蚊、骚扰阿蚊、致倦库蚊和未分类杂蚊等3属5种共计22,269只蚊虫标本。三带喙库蚊是武穴市、通城县、随州市和江陵县的优势蚊种,致倦库蚊是恩施州的优势蚊种,在神农架林区主要采集到骚扰阿蚊。对所有标本分272批进行研磨和病毒分离,结果分离到42个阳性分离物,来自4个蚊种——三带喙库蚊、致倦库蚊、骚扰阿蚊和中华按蚊。经过系统鉴定,共得到33株乙脑病毒（Japanese encephalitis virus, JEV）、6株盖塔病毒（Getah virus, GETV）（?）口4株版纳病毒（Banna virus, BAV）。从三带喙库蚊和致倦库蚊中分离到的病毒最多,分别是21株和15株,而且3种病毒都从三带喙库蚊中分离到；从恩施州分离的病毒最多,为31株；恩施州致倦库蚊中乙脑病毒的批次阳性率和现场最低感染率最高,分别为53.6%和1：103.3,其次是恩施州三带喙库蚊中乙脑病毒的批次阳性率和现场最低感染率最高,分别为44.4%和1：128.8。新分离病毒分子生物学特征分析显示,所有33株JEV均为基因Ⅰ型病毒,分离株之间E基因核苷酸和氨基酸序列同源性为98.7%-100%和99.8%-100%。新分离JEV与疫苗株SA14-14-2在E基因区段存在14处共同的氨基酸差异,但差异位点均不处于决定抗原性的关键氨基酸位点。新分离GETV与我国2002年分离株HB0234、YN0540和韩国2004年分离株Korea的进化关系最近,位于同一个进化分支中；而与俄罗斯分离株LEIV/16275的进化关系较远。新分离BAV第12片段核苷酸之间的同源性为100%,第12片段核苷酸和VP12蛋白序列中存在多个不同于其它地域分离株的共同差异位点,进化分析显示所有新分离株与中国北京和云南的分离株以及越南分离株处于同一亚群。本研究的意义本研究首次在全球范围内开展了乙脑病毒的时空动力学分析,阐明了乙脑病毒在亚洲的播散特征和播散方式,首次发现乙脑病毒的传播存在地域分布特征和播散源泉地区,首次发现迁徙事件是乙脑病毒重要的分布分化机制,并首次从系统进化角度揭示候鸟在乙脑病毒远距离传播中具有重要的作用。研究结果还提示乙脑病毒存在向欧洲等传统非流行区传播的可能性,为全球乙脑的预防控制提供了重要依据。本研究还对湖北省部分地区进行了虫媒病毒调查,分离到乙脑病毒、盖塔病毒和版纳病毒等3种虫媒病毒,并发现库蚊是湖北市携带病毒最多的蚊种。盖塔病毒和版纳病毒为湖北省首次分离；乙脑病毒在湖北的分离也填补了乙脑病毒在亚洲中部的空白,为乙脑病毒时空动力学分析提供了条件。本研究还明确了湖北省新分离病毒与国内外分离株之间的分子生物学差异,丰富了我国和湖北省虫媒病毒信息,为深入开展研究提供了基础数据,也为了解当地传染病病因以及积极预防和控制相关虫媒病毒疾病提供了重要的资料信息。
刘红[9]（2011）在《版纳病毒全基因组序列特征及其分子进化研究》文中认为版纳病毒（Banna Virus）是呼肠孤病毒科病毒,2005年国际病毒命名委员将版纳病毒列为东南亚十二节段RNA病毒属（Seadornavirus）的模式病毒。自1987年首次从云南西双版纳病人标本中分离以来,相继在位于北温带、亚热带以及热带（赤道至北纬42度）的中国、印度尼西亚、越南等国家的猪、牛、蜱以及3属10种蚊虫标本中分离。由于直接从病人标本中分离到病毒本并从病人血清中检测到病毒抗体,版纳病毒被认为是一种引起人类发热和病毒性脑炎的重要新发传染病的病原体,引起了国内外病毒学家和疾病预防控制专家的极大关注。本研究首先大规模测定版纳病毒全基因组序列并对病毒全基因组特征进行系统分析,在此基础上运用多种生物信息学理论与方法分析了不同分离年代、不同分离地区、不同宿主来源的版纳病毒的系统进化、分子溯源、种群动态以及空间迁徙路线及动力。本研究是国际上首次开展的版纳病毒相关研究,研究结果对于解释版纳病毒的分子进化和起源等病毒学理论问题以及制定该病毒所引起疾病的预防控制策略等均具有重要意义。结果报告如下：1.版纳病毒的全基因组序列的测定本研究首先测定了我国分离的20株版纳病毒全基因组核苷酸序列,病毒分离自3属10种蚊虫标本；分离地纵贯我国亚热带及北温带包括云南省、山西省、甘肃省、北京市、辽宁省及内蒙古自治区；分离年份从1995年至2007年。病毒全基因组测定质量分析结果显示,平均质量值为30.34,准确性达到98.9%,提示序列的质量具有较高的信度。这也是国际上首次完成的大规模版纳病毒全基因组序列测定。本研究在测定版纳病毒全基因组序列测定过程中采用自行设计的2套病毒全基因组扩增引物,这些扩增引物具有特异性好,工作稳定等特点,该方法与双链RNA病毒基因组传统测定方法相比工作效率大大提高。2.版纳病毒全基因组序列特征分析版纳病毒基因组全长约21,000 bp,由12条分节段的双链RNA组成,各基因节段长度从759 bp到3747 bp大小不等。病毒基因组富含嘌呤和嘧啶核苷酸（A+T含量为58.19%-65.39%）,各节段均具有紧凑的尺寸冗余序列少的特点。版纳病毒各基因节段均为单顺反子结构,仅含有一个开放读码框编码对应的病毒蛋白质分别称为VP1-VP12。分析结果显示,版纳病毒基因组中存在许多高度保守的区域,这些区域是保持病毒功能的重要活性位点同时这些保守区也是对版纳病毒进行分子诊断的理想靶标区域。版纳病毒全基因组核苷酸序列同源性分析结果显示,版纳病毒各基因节段的氨基酸同源性均高于核苷酸同源性,表明大多数突变位点位于密码子的第三位并不引起编码氨基酸的改变。版纳病毒第1-12节段基因组的同源性存在较大差异,其中第12基因节段最为保守（>84.8%,μ=92.5%）,而第9基因节段变异度最大（>37.8%,μ=81.53%）。版纳病毒各基因节段中均可检测到碱基的缺失、插入、重组和重配以及基因倍增,提示版纳病毒各基因节段的基因组结构并非严谨而是一个不断丢失和获得遗传物质的动态结构,这种动态的,多重的基因组结构改变应该是版纳病毒发生适应性进化的驱动力。以病毒全基因组为基础的系统进化分析结果显示,版纳病毒可以分为两个基因型别,基因A型和基因B型,基因A型分为由北方分离株组成的A1亚型和南方分离株组成的A2亚型,体现出明显的地域分布特征。版纳病毒基因A1、A2亚型存在型别特征性的氨基酸位点,是版纳病毒在进化过程中积累的遗传差异,更是深入开展版纳病毒病原性研究的重要分子靶标。对版纳病毒各基因节段的系统进化分析结果显示,版纳病毒第12节段基因结构保守、具有足够的用于基因分型的信息位点、更重要的是该基因节段所绘制的基因进化树与病毒全基因的分析结果基本相同,因此版纳病毒第12基因节段序列信息可以作为该病毒基因分型的分子基础(本章节部分研究结果已发表（EID,2010）。进一步分析发现,版纳病毒各基因节段的进化谱系图并不完全一致,表明版纳病毒各个基因在进化上具有不同的特点。3.版纳病毒分子溯源与地理迁徙分析为了开展版纳病毒基因组的时空动力学研究,本研究使用本课题测定的20株版纳病毒全基因因组序列数据以及从国际基因库（GenBank）下载目前仅有的4株版纳病毒全基因组序列,构建了版纳病毒全基因组非冗余序列联配数据集。使用BEAST、PAUP、Phylip以及MigraPhyla软件进行病毒选择压力、分子溯源、种群进化动态以及地理迁徙分析。研究结果显示,版纳病毒在自然界主要受净化选择压力,即大部分有害的突变被净化选择压力清除。版纳病毒基因组的平均碱基替换速率在103—10-4数量级,与呼肠孤病毒属的其他病毒如蓝舌病毒、轮状病毒等进化速率相当。由于所受选择压力不同,版纳病毒的不同基因节段表现出不同的碱基替换速率,最快的为第9基因节段（1.345*10-2/核苷酸位点/年）,而第12基因节段最慢（4.33*10-4/核苷酸位点/年）。碱基替换模型计算结果显示,版纳病毒基因组序列的变化以嘧啶之间的互换（C-T）最常见,其次是嘌呤之间的互换（A-G）。在序列中置换（Transition）的比率高于颠换（Transversion）。除第11基因节段的最适碱基替换模型为HKY外,其余基因节段的碱基替换模型均为GTR。基于MCMC算法,利用BEAST软件对版纳病毒全基因组序列进行分子溯源和种群进化动态分析,结果显示版纳病毒最近共同进化祖先出现时间为距今315年前（95%HPD：63-619）,其中基因A型和基因B型的共同进化祖先出现的时间分别距今217年（95%HPD：51-424）和49年（95%HPD：31-74）。基因A1亚型和A2亚型的最近共同祖先出现的时间分别为距今92年前（95%HPD：21-192）和164年前（95%HPD：36-327）。根据目前已知的版纳病毒毒株分离年代信息推断,中国南方分离株组成的基因A2亚型的版纳病毒是最古老的版纳病毒种群。种群动态分析结果显示,版纳病毒的种群多样性自1980年开始一直处于缓慢下降状态,2000年一2005年版纳病毒种群多样性明显下降,至2005年前后降至最低点,目前版纳病毒的种群多样性维持在101-102之间。空间动力学研究表明,中国云南省、甘肃省和辽宁省是版纳病毒的三个潜在播散地。追溯版纳病毒的迁徙路线发现其与我国候鸟的迁飞路线高度拟合,提示候鸟的迁徙在版纳病毒的播散中起到了重要的作用。4.总结本课题在国际上首次以不同时间、地点、宿主来源的版纳病毒毒株全基因组序列测定为基础,获得了版纳病毒种群基因组一级结构全貌,精准定位了版纳病毒基因组中高度保守区段、探明了型别特异性分子靶标、明确了版纳病毒进化变异的动力并阐释了版纳病毒基因重配产生的动力,为深入开展版纳病毒的病原学研究进行了有效的基因组分子数据的挖掘与分析。同时采用目前国际最先进的分析方法对版纳病毒基因组开展了系统的生物信息学研究,阐明了基因组数据所蕴藏的生物学意义：明确了版纳病毒分子分型及毒株之间亲缘关系、追溯了版纳病毒的分子起源时间及种群进化动态、重建了版纳病毒的迁徙路线。具体结论如下：的分子起源时间及种群进化动态、重建了版纳病毒空间迁徙路线并推断了其迁徙动力。这些研究结果不仅丰富了版纳病毒的分子生物学基础数据为进一步深入开展版纳病毒的病原学研究奠定了基础,更为科学的制定版纳病毒的防控策略提供了依据。
陈维欣[10]（2011）在《山东省蚊虫及蚊传虫媒病毒分布研究》文中指出背景虫媒病毒（Arbovirus）是指通过吸血节肢动物叮咬敏感的脊椎动物而传播疾病的一类病毒。虫媒病毒能在节肢动物体内繁殖,但对其不致病,经过一定的潜伏期,通过节肢动物叮咬脊椎动物传给新的宿主,并在新宿主体内繁殖,引起相应的临床症状。虫媒病毒呈全球性分布,主要分布于中温带、亚热带和热带地区,大多数具有地理分布特征。国际上已发现537种虫媒病毒,其中130余种可引起人兽疾病,许多虫媒病毒在全球范围内广泛流行并引起严重疾病,如登革病毒（DENV）,乙型脑炎病毒（JEV）,黄热病毒（YFV）等。虫媒病毒病已成为国际社会关注的公共卫生问题。山东省位于中国东部沿海,地处黄河下游,属于暖温带湿润和半湿润季风气候。人口密集,地质地理条件复杂,气候温暖湿润,适宜媒介昆虫滋生繁殖,形成了媒介昆虫种类的多样性,适宜多种虫媒病毒的存在与循环。但是,时至今日仅有流行性乙型脑炎（Japanese Encephalitis, JE）的病例报告,是否存在其它虫媒病毒病尚不清楚。而山东省部分地区夏秋季节存在不明原因发热和脑炎病例。为此需要开展山东省蚊传虫媒病毒与当地疾病关系的研究,为当地虫媒病毒疾病的预防控制提供依据。目的对山东省进行系统的蚊虫现场调查及蚊传虫媒病毒病原学研究,为当地虫媒病毒病的预防控制及夏秋季不明原因发热病例的诊断提供依据和信息。方法连续两年在山东省采集蚊虫标本,分类后,标本用液氮保存运送至实验室。蚊虫标本研磨后接种于组织细胞培养,阳性分离物使用血清学和分子生物学技术进行鉴定。对新分离病毒的特异性基因片段扩增测序后,使用ClustalX1.83、MegAlign、Mega4和Genedoc3.2等生物学软件进行核苷酸和氨基酸序列分析及系统进化分析。同时制备蚊虫标本核酸的cDNA文库,采用半巢式PCR法检测JEV核酸,使用PooledlnfRateManual软件计算蚊虫JEV感染率。结果1.本研究于2008～2009年连续两年在山东省7个采集点采集蚊虫标本,分别为山东省东部的烟台、青岛和东营,中部的淄博和济南以及西南部的济宁和菏泽。两年共采集到5属6种19211只蚊虫标本,包括三带喙库蚊、淡色库蚊、骚扰阿蚊、中华按蚊、常型曼蚊和伊蚊。烟台、青岛和淄博以淡色库蚊为优势蚊种,淡色库蚊所占的比例分别为烟台2008年94.2%（1386/1471）2009年78.5%（992/1263）,青岛83.3%（738/886）,淄博89.2%（390/437）；济南、东营、菏泽和济宁以三带喙库蚊为优势蚊种,三带喙库蚊所占的比例分别为济南2008年67.2%（2050/3050）,2009年100%（1400/1400）,东营93.3%（2800/3000）,菏泽99.6%（3950/3965）,济宁87.2%（3260/3739）。2009年在烟台市采集的标本种类最多,采集到了除常型曼蚊外的所有5种蚊种。常型曼蚊只在济宁市采集到。2.通过组织细胞培养法对2008～2009年采集的蚊虫标本进行病毒分离。结果在242批蚊虫研磨上清中分离到33株病毒阳性分离物。血清学和分子生物学鉴定结果显示,21株分离物为乙脑病毒（Japanese encephalitis virus, JEV）,1株为盖塔病毒（Getah virus, GETV）,1株为（Banna virus, BAV）,10株为（Culex pipiens pallens densovirus,CppDNV）。基于E基因核苷酸序列的系统进化分析显示,山东省分离的21株JEV均属于基因Ⅰ型JEV,且存在明显的地域特征。21株JEVE基因核苷酸同源性在97.3%-100%之间,氨基酸同源性为97.2%-100%。与疫苗株SA14-14-2 E基因核苷酸同源性为87.2%-88.1%,氨基酸同源性为96.4-97.2。与JE减毒活疫苗SA14-14-2株在E基因区段存在11处共同氨基酸位点差异,但决定抗原性和毒力的重要氨基酸位点未发生变化。新分离GETV的3’UTR基因区段全长为401nt,存在GETV特有的长约53nt的3个重复序列元件和19nt的保守序列,第45-54nt间存在10nt缺失,与我国其它省份及蒙古和俄罗斯分离株一致。对新分离BAV基于第12片段的分子生物学特征分析,发现其与我国东北地区分离株（LN0688,LN0689）的氨基酸同源性最高,为97.6%。系统进化显示,山东省新分离BAV位于A1亚组,即位于中国北方分离组。10株CppDNV利用基于NS1和部分NS2基因进行测序分析,这些序列与中国辽宁,云南,新疆及贵州等省份的分离株（JZ-16;YN05217;XJ0545;GZWN1）的同源性均高于99%。3.对山东省蚊虫携带JEV的情况进行检测。在2008年采集的93批蚊虫标本中检出JEV核酸阳性34份,2009年采集的149批蚊虫标本中检出JEV核酸阳性18份。从地域分布来看,山东省东、中、西部蚊虫标本的JEV感染率均较高。分析不同蚊种JEV的携带情况,在三带喙库蚊、淡色库蚊、中华按蚊和伊蚊标本中均检测到JEV的核酸阳性。JEV平均感染率在20%左右。分别为24.3%（35/144）,25%（1/4）,20%（2/10）和17.5%（14/80）。本文还对各采集点蚊虫JEV病毒感染率与当地乙脑病例的流行分布进行了分析。结论本研究首次在山东省比较系统而全面地进行了虫媒病毒传播媒介的调查。采集到了5属6种蚊虫标本。证实了库蚊为当地的优势蚊种。从3种蚊虫标本中分离到了JEV.GETV.BAV和CppDNV等4种虫媒病毒。提示山东省存在多种适宜虫媒病毒循环的媒介蚊虫及存在多种虫媒病毒的循环。并在山东省多个地区,多个蚊种中都检测到了JEV的感染,提示山东省自然界中存在着高风险的JEV感染。
二、我国Colti病毒基因分型的研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、我国Colti病毒基因分型的研究（论文提纲范文）
（1）云南省瑞丽市不明原因发热病例七种蚊媒病毒病分子流行病学调查（论文提纲范文）
| 缩略词表(以字母顺序排列) |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 瑞丽市不明原因发热病例7种蚊媒病毒核酸检测 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 寨卡病毒的分离鉴定 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第三部分 登革病毒的分离鉴定 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 综述 蚊传呼肠孤病毒研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（2）云南玉溪地区虫媒病毒调查及动物血清流行病学研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 云南省玉溪地区虫媒病毒的分离鉴定 |
| 材料与方法 |
| 1 标本来源 |
| 2 病毒分离 |
| 3 病毒鉴定 |
| 结果 |
| 1 蚊虫采集结果 |
| 2 病毒分离结果 |
| 3 病毒鉴定结果 |
| 4 病毒分布结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 2株JEV全基因组分子特征分析 |
| 材料与方法 |
| 1 标本来源 |
| 2 主要仪器和试剂 |
| 3 全基因组测定 |
| 4 胶回收 |
| 5 载体连接 |
| 6 转化感受态细胞 |
| 7 重组克隆PCR鉴定 |
| 8 序列分析 |
| 结果 |
| 1 JEV全基因组序列扩增及基因组结构 |
| 2 全基因组核苷酸及氨基酸序列同源性分析 |
| 3 氨基酸差异位点分析 |
| 4 系统进化分析 |
| 讨论 |
| 第三部分 玉溪地区虫媒病毒动物血清流行病学分析 |
| 材料与方法 |
| 1 标本来源 |
| 2 主要仪器和试剂 |
| 3 TCID-50 |
| 4 血清中和实验 |
| 结果 |
| 1 动物血清采集结果 |
| 2 TCID-50读数结果 |
| 3 JEV及GETV抗体检测结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 云南省乙型脑炎病毒研究现状及基因型的变迁 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（3）云南省分离的蝙蝠源呼肠孤病毒基因特征分析（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 病毒株 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器 |
| 2.1.4 生物信息分析软件 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 提取RNA |
| 2.2.2 反转录 |
| 2.2.3 RNA琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.2.4 聚合酶链反应(PCR) |
| 2.2.5 序列测定和系统进化分析 |
| 第三章 实验结果 |
| 3.1 RNA琼脂糖凝胶电泳结果 |
| 3.2 第一轮RT-PCR扩增结果 |
| 3.3 第二轮RT-PCR扩增结果 |
| 3.4 同源性分析 |
| 3.5 系统进化树分析 |
| 3.5.1 WDBP1716 病毒株进化关系分析 |
| 3.5.2 MLBC1302和MLBC1313 病毒株进化关系分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 病毒核酸电泳图谱分析 |
| 4.2 病毒基因组序列特征分析 |
| 4.3 序列同源性和系统进化树分析 |
| 4.4 关于PRV的地理位置和分离宿主 |
| 4.5 关于PRV的致病性 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 文献综述 蝙蝠携带呼肠孤病毒的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（4）云南省新蚊媒病毒的发现及其分子特征与人群感染调查研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 云南省新蚊媒病毒的鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 标本来源 |
| 1.2 主要仪器及试剂 |
| 1.3 实验方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 高通量测序鉴定结果 |
| 2.2 RT-PCR鉴定结果 |
| 2.3 Real-time PCR鉴定结果 |
| 3 讨论 |
| 第二部分 几种蚊媒病毒的分子生物学特征研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 标本来源 |
| 1.2 主要仪器及试剂 |
| 1.3 病毒全基因组测定 |
| 1.4 序列分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 梁河环状病毒(Lianghe orbivirus,LHOV)的分子特征 |
| 2.2 曼列病毒(Manglie virus,Ma V)的分子特征 |
| 2.3 蓝舌病毒(Bluetongue virus,BTV)的分子特征 |
| 2.4 版纳病毒(Banna virus,BAV)的分子特征 |
| 2.5 Toti病毒的分子特征 |
| 3 讨论 |
| 第三部分 云南省几种蚊媒病毒感染人群血清学调查 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 标本来源 |
| 1.2 主要试剂与仪器 |
| 1.3 实验方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 版纳病毒抗体检测结果 |
| 2.2 南丁病毒抗体检测结果 |
| 2.3 西藏环状病毒抗体检测结果 |
| 3 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 个人简历 |
| 攻读学位期间已(待)发表的论文 |
| 致谢 |
| 综述 几种环状病毒的流行概况 |
| 参考文献 |
（5）湖南省吸毒患者感染丙型肝炎病毒基因型特征分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一章 HCV感染者丙型肝炎知识知晓与接受直接抗病毒药物治疗意愿调查 |
| 1.1 对象与方法 |
| 1.1.1 调查对象 |
| 1.1.2 调查内容及方式 |
| 1.1.3 统计学分析 |
| 1.2 结果 |
| 1.2.1 人口学情况 |
| 1.2.2 治疗意愿及影响因素 |
| 1.2.3 丙型肝炎知识知晓情况 |
| 1.3 讨论 |
| 第二章 湖南省吸毒患者感染丙型肝炎病毒基因型特征分析 |
| 2.1 实验材料与仪器 |
| 2.1.1 主要试剂 |
| 2.1.2 主要仪器 |
| 2.1.3 试剂配制 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 样本来源 |
| 2.2.2 样本收集与处理 |
| 2.2.3 丙型肝炎病毒核酸定量和基因分型检测 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 检测结果 |
| 2.3.2 湖南省丙型肝炎基因型地理分布 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 结论 |
| 创新点及展望 |
| 参考文献 |
| 综述一 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（6）云南省澜沧江流域蚊虫及蚊媒病毒调查研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一部分 云南省澜沧江流域蚊虫媒介调查 |
| 材料与方法 |
| 一、 调查地点与调查时间 |
| 二、 蚊虫采集 |
| 三、 蚊种鉴定 |
| 结果 |
| 一、 澜沧江流域蚊虫种类与构成 |
| 二、 澜沧江不同流域蚊虫种类与构成 |
| 讨论 |
| 第二部分 云南省澜沧江流域蚊媒病毒的分离鉴定 |
| 材料与方法 |
| 一、 材料 |
| 二、 方法 |
| 结果 |
| 一、 云南省澜沧江流域蚊媒病毒分离情况 |
| 二、 黄病毒属病毒的分离鉴定 |
| 三、 呼肠孤病毒科病毒的分离鉴定 |
| 四、 盖塔病毒的分离鉴定 |
| 五、 其他病毒的分离鉴定 |
| 七、 病例标本病毒的分离鉴定 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（8）乙脑病毒时空动力学分析（论文提纲范文）
| 目录 英文缩略语 中文摘要 Abstract 第一部分 |
| 乙脑病毒的时空动力学分析 前言 第一节 |
| 乙脑病毒分布研究及乙脑病毒基因序列分析数据集的构建 第二节 |
| 乙脑病毒系统进化和种群历史分析 第三节 |
| 乙脑病毒的空间动力学分析 第二部分 |
| 湖北省蚊传虫媒病毒调查与病毒分子特征分析 前言 第一节 |
| 湖北省蚊虫标本采集和病毒分离 第二节 |
| 湖北省蚊传虫媒病毒分离物的鉴定和分子特征研究 第三部分 |
| 病毒性脑炎病人脑脊液标本病原体的检测 1.材料方法 2.结果与分析 3.讨论 参考文献 综述 |
| 我国新分离虫媒病毒及其感染 附表 |
| 湖北省蚊虫标本采集记录表 个人简历 致谢 |
（9）版纳病毒全基因组序列特征及其分子进化研究（论文提纲范文）
| 英文缩略语 中文摘要 Abstract 前言 第一章 |
| 版纳病毒中国分离株全基因组序列的测定 第一节 |
| 版纳病毒分离株的复苏及鉴定 第二节 |
| 版纳病毒型特异性全基因组序列扩增测定引物 第三节 |
| 版纳病毒全基因组序列扩增与测定 第二章 |
| 版纳病毒基因组结构特征研究 前言 第一节 |
| 版纳病毒基因组结构分析 第二节 |
| 版纳病毒基因分型 第三章 |
| 版纳病毒的时空动力学分析 前言 第一节 |
| 版纳病毒的核苷酸置换模型的计算 第二节 |
| 版纳病毒分子溯源与地理迁徙分析 参考文献 综述:我国新分离虫媒病毒及其感染 附录 个人简历 致谢 |
（10）山东省蚊虫及蚊传虫媒病毒分布研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 ABSTRACT 符号说明 前言 第一章 |
| 山东省蚊传虫媒病毒分离鉴定 第一节 |
| 山东省蚊虫标本采集 第二节 |
| 山东省虫媒病毒分离 第三节 |
| 山东省虫媒病毒鉴定及分子特征分析 第二章 |
| 山东省蚊虫标本乙脑病毒感染率调查 总结 创新之处 参考文献 附录 攻读学位期间发表的学术论文目录 致谢 学位论文评阅及答辩情况表 |
四、我国Colti病毒基因分型的研究（论文参考文献）
- [1]云南省瑞丽市不明原因发热病例七种蚊媒病毒病分子流行病学调查[D]. 田杰. 昆明医科大学, 2021(02)
- [2]云南玉溪地区虫媒病毒调查及动物血清流行病学研究[D]. 凌珏. 昆明医科大学, 2021
- [3]云南省分离的蝙蝠源呼肠孤病毒基因特征分析[D]. 高张晋. 大理大学, 2021(09)
- [4]云南省新蚊媒病毒的发现及其分子特征与人群感染调查研究[D]. 彭红红. 安徽医科大学, 2020
- [5]湖南省吸毒患者感染丙型肝炎病毒基因型特征分析[D]. 戴俊斌. 南华大学, 2019(01)
- [6]云南省澜沧江流域蚊虫及蚊媒病毒调查研究[D]. 郭晓芳. 中国人民解放军军事医学科学院, 2014(02)
- [7]媒介生物与人兽共患病毒病防控[A]. 金宁一. 第四届全国人畜共患病学术研讨会 2014年中国狂犬病年会 中国畜牧兽医学会兽医公共卫生学分会第四次学术研讨会会议论文摘要集, 2014
- [8]乙脑病毒时空动力学分析[D]. 高晓艳. 中国疾病预防控制中心, 2013(12)
- [9]版纳病毒全基因组序列特征及其分子进化研究[D]. 刘红. 中国疾病预防控制中心, 2011(02)
- [10]山东省蚊虫及蚊传虫媒病毒分布研究[D]. 陈维欣. 山东大学, 2011(04)