一、Analysis of Functional Genes for Cotton Fiber Development（论文文献综述）
邵长生[1]（2021）在《二球悬铃木表皮毛发育调控基因PaTCP4、PaTCP15和PaNAC089的功能分析》文中研究表明二球悬铃木（Platanus acerifolia Willd）,是悬铃木科悬铃木属植物,该树种冠大荫浓、适应性性强且生长迅速,因此被广泛应用于城市绿化。然而,二球悬铃木作为城市绿化树的最大缺陷是其表皮毛是严重的空气污染物。二球悬铃木幼嫩器官表面被生多细胞表皮毛;依据有无分泌功能这些表皮毛可分为两大类:腺毛和非腺毛。其中非腺毛,尤其是果序毛,是二球悬铃木产生的主要空气污染物。因此,培育解决表皮毛污染的“无毛悬铃木”成为二球悬铃木育种的主要目标。目前研究表明,只依靠传统育种手段很难实现培育“无毛悬铃木”的目标,而借助基因工程手段或许是实现这一育种目标的最佳方式。然而,目前我们对于二球悬铃木表皮毛发育的调控方式所知甚少,因此,本研究希望通过二球悬铃木果毛转录组测序分析的方式,筛选出参与二球悬铃木果毛发育的关键基因,并通过异源转化模式植物拟南芥的方式验证候选基因的功能与调控机制,并以此推测二球悬铃木表皮毛发育的分子机制。主要结果如下:1.使用扫描电镜连续观察二球悬铃木果序发育过程中果皮毛的形态。二球悬铃木果实属于聚花果,果序表面每个小坚果都是一个完整的果实;观察发现二球悬铃木小坚果表面着生两种非腺毛:齿状分支毛和长直毛;其中齿状分支毛主要分布在小坚果中上部。长直毛主要分布在小坚果的中下部。我们依据扫描电镜的观察结果采集了不同发育时期的果毛混样进行转录组测序分析,结果表明众多转录因子和植物激素参与二球悬铃木果毛的发育过程;其中表达量最高的基因是MYB家族基因和TCP家族基因。2.依据转录组数据,我们从二球悬铃木中克隆得到了1个在果毛中高量表达的TCP家族基因;进化树分析与蛋白序列比对结果表明该基因是与拟南芥At TCP4同源的Class TCPⅡ家族基因,因此命名为Pa TCP4。亚细胞定位实验表明Pa TCP4定位在细胞核中。Pa TCP4与Pa TCP15在二球悬铃木的各组织/器官中均有表达,在表皮毛中的表达尤其高。在拟南芥中过表达Pa TCP4降低了第一对真叶的表皮毛数量;此外,在转基因株系的真叶上还检测到一些在对照株系中从未发现的5分支的表皮毛。酵母单杂交和双荧光素酶实验表明,Pa TCP4可以直接激活拟南芥At CPC、At TCL2、At GL3,以及二球悬铃木Pa GIS和Pa GL3。综上所述,这些结果确定了Pa TCP4在拟南芥表皮毛诱导和分支中的作用,我们推测Pa TCP4可能在调控二球悬铃木表皮毛发育过程中发挥重要作用。3.依据转录组数据从二球悬铃木中克隆了另一个TCP基因;进化树与氨基酸序列比对结果表明该基因是与拟南芥At TCP15同源的Class TCPⅠ家族基因,因此命名为Pa TCP15。亚细胞定位表明Pa TCP15定位在细胞核中。RT-q PCR结果显示该基因在二球悬铃木各组织/器官均有表达;另外,通过GUS染色实验发现p Pa TCP15能够在拟南芥表皮毛中表达,并且6-BA处理转基因株系后能够使GUS染色加深;此外,该基因的启动子上包含大量激素响应元件和各种响应胁迫反应的顺势结合元件。异源过表达Pa TCP15能够增加拟南芥花序表皮毛数量,尤其是增加了萼片表皮毛数量。RT-q PCR结果显示转基因株系中正调控拟南芥花序表皮毛发育的基因At ZFP6的表达量升高,双荧光素酶实验同样表明Pa TCP15能够激活At ZFP6。4.我们从二球悬铃木中克隆得到一段基因序列,进化树与蛋白序列比对分析表明该基因编码一个膜锚定转录因子（MTTF）,属于NAC（NAM,ATAF1/2,CUC2）转录因子家族。亚细胞定位结果表明缺失跨膜结构域的Pa NAC089（?Pa NAC089）定位于细胞核,而全长Pa NAC089定位于内质网（ER）,这与膜系转录因子的特点一致。此外,RT-q PCR结果显示该基因在二球悬铃木各组织/器官部位均有表达,在叶片中的表达量随叶片的成熟而逐渐升高。在拟南芥中异源过表达?Pa NAC089会降低拟南芥表皮毛数量,与此表型一致,转基因株系中正调控拟南芥表皮毛发育的基因At GL1和At GL2的表达被抑制。?Pa NAC089转基因株系还出现了开花延迟的表型,酵母单杂实验结果表明?Pa NAC089直接绑定At CO启动子序列。除此之外,?Pa NAC089转基因株系还出现墨绿色的莲座叶,叶绿素检测发现转基因株系莲座叶叶绿素含量明显高于对照植株的莲座叶,酵母单杂与LUC瞬时转化激活实验结果表明?Pa NAC089能够直接抑制At NYE1,At NYE2和At NYC1。除上述结果外,我们还发现?Pa NAC089还影响拟南芥角果的发育。综上所述,Pa NAC089属于调控拟南芥开花、叶绿素分解、表皮毛诱导和角果发育的MTTF。
赵岩,冯加加,肖向辉,黄晋玲,卢全伟,渠云芳[2]（2021）在《基于BSA-seq法的纤维衣分相关候选基因的鉴定》文中指出衣分是影响棉纤维产量的重要指标。本研究以高衣分棉花陆海渐渗系材料MBI7747-14和中棉所45为亲本,构建包含2403个单株的F2分离群体,挑选衣分性状极端单株构建2个混池,采用BSA-seq方法进行衣分相关基因定位分析。结果表明,在D2染色体上得到4个置信指数高于95%的候选区间,4个区间共包含236个基因,总长度为5.47 Mb。在以上基因中,200个基因中含有SNP,190个基因中含有InDel,其中70个基因含有非同义突变位点。通过转录组数据的基因表达模式分析,筛选出19个可能与衣分相关的候选基因。GO功能富集分析表明,19个候选基因集中于NADP+活性、醛糖醇代谢、碳利用和调控细胞发育等功能条目。本研究为进一步研究棉纤维衣分形成的遗传机制奠定了一定的基础。
叶峥秀[3]（2021）在《棉花纤维发育相关基因GhGRAM31和GhTCP15的克隆和功能分析》文中进行了进一步梳理棉纤维是单细胞研究的良好材料,解析其动态发育过程中的基因调控网络,发掘关键调控节点基因,才能应用于纤维品质改良。植物中含有GRAM结构域的成员参与生长发育和逆境响应过程,但其在棉纤维发育过程中的生物学功能鲜有报道。已有研究表明TCP转录因子参与调控纤维发育,但其作用机制尚不明晰。本研究主要论述了GhGRAM31和GhTCP15调控棉纤维发育的分子机制,以期为棉花纤维品质改良服务,主要研究结果分述如下:一、GhGRAM31参与调控棉纤维伸长本研究以四个棉种GRAM家族成员的全基因组鉴定为切入点,分析了陆地棉GRAM家族成员在纤维发育阶段的表达模式,并对陆地棉GhGRAM31在棉纤维发育阶段中的生物学功能和其作用机制展开了研究,取得的结果如下:1.在亚洲棉、雷蒙德氏棉、陆地棉和海岛棉四个棉种中总共鉴定到164个GRAM成员,根据聚类分析将这些成员分为两个亚家族。陆地棉GRAM成员在纤维发育阶段的表达模式分为四类,ClusterⅣ成员在纤维发育5-10 DPA纤维中优势表达,它们可能参与调控纤维伸长。其中GhGRAM31与拟南芥At GRE5同源,在10DPA纤维中表达优势最强,因此选择该基因进行后续研究。2.为了研究GhGRAM31在棉纤维中的生物学功能,构建了GhGRAM31干涉载体和超量表达载体并转化棉花。连续多年的重复试验检测发现,干涉株系纤维伸长受阻,成熟纤维显着变短,纤维品质变差,衣分降低,种子变小。而超量表达株系成熟纤维变长。3.为了研究GhGRAM31的表达调控网络,对关键基因的转录水平进行分析发现,GhGRAM31干涉材料纤维中CTL2和Ces A7上调表达,而CHIT3、SLR1和部分纤维发育相关转录因子下调表达,导致纤维发育调控网络紊乱,进而影响纤维发育。4.为了进一步发掘GhGRAM31的互作蛋白,从而了解基因的作用模式,通过酵母双杂交实验（Y2H）鉴定到GhGRAM31的互作蛋白为GhGRAM5和GhGRAM35,并通过pull-down、LCI和Bi FC实验对它们之间的互作关系进行了验证。同样的,发现GhGRAM5可以与GhTTG1互作,GhGRAM35可以与GhHD1和GhHOX1互作。通过双荧光素酶报告基因检测系统实验发现,GhGRAM31和GhGRAM35共表达可以增强GhHD1对下游靶标基因的转录激活作用。这些结果显示GhGRAM31可能通过参与GRAM成员和转录因子间复杂互作模块,来调节纤维发育。本研究提供了棉花GRAM家族成员信息,为纤维品质改良提供了大量候选基因资源。对棉花GhGRAM31抑制表达和超量表达株系的表型分析发现该基因正调控纤维伸长。揭示了GhGRAM31通过参与复杂的蛋白互作网络调控纤维发育的过程。二、GhTCP15调控棉纤维伸长和纤维细胞壁加厚植物特异的TCP转录因子参与植物进化和广泛的生物学过程,其可能位于多种信号通路中的中心调控节点,因此解析TCP转录因子的功能和机制能够丰富植物细胞网络。本研究对陆地棉纤维优势表达基因GhTCP15在棉纤维发育过程中的生物学功能和机制展开了深入研究,主要结果如下:1.克隆到陆地棉GhTCP15基因,其编码Class I TCP类转录因子,其蛋白序列与拟南芥At TCP15最同源。GhTCP15在10 DPA纤维中表达优势最强。为了研究GhTCP15在棉纤维中的生物学功能,构建了纤维优势表达的Gb EXPA2启动子驱动GhTCP15超量表达载体并转化棉花。连续多年的重复试验检测发现,超量表达株系纤维伸长受阻,成熟纤维显着变短,整齐度降低,短纤维指数提高。成熟纤维石蜡切片的统计结果显示,与对照材料相比,GhTCP15超量表达株系的成熟纤维细胞壁厚度显着增加。2.为了研究该基因的调控机制,创制了融合GFP标签的GhTCP15超量表达转基因棉花,并进行ChIP-seq实验。经过分析得到GhTCP15潜在的结合顺式元件,为GTGGGNCC,这与拟南芥ClassⅠTCP识别的核心序列一致,表明TCP转录因子结合序列具有很强的保守性。3.为了研究GhTCP15的表达调控网络,对GhTCP15纤维特异超量表达株系与野生型10 DPA同时期的纤维进行比较转录组学分析,鉴定到830个差异表达基因,这些差异表达基因主要富集在细胞壁和次生壁相关过程。其中139个差异表达基因的启动子上具有GhTCP15潜在的结合顺式元件,这些基因也富集在细胞壁和次生壁相关过程。4.通过ChIP-q PCR、酵母单杂交和LUC实验发现,GhTCP15可以结合到细胞壁松弛基因GhEXPA1的启动子上,发挥促进GhEXPA1转录活性的功能。5.为了进一步发掘GhTCP15的互作蛋白,从而了解基因的作用模式,通过Y2H实验对于GhTCP15的互作蛋白进行了鉴定,鉴定到的互作蛋白中包括ClassⅠ类TCP转录因子GhTCP8和ClassⅡ类TCP转录因子GhTCP4,并通过LCI和Bi FC实验验证GhTCP15与GhTCP8、GhTCP15与GhTCP4之间的相互作用关系。GhTCP15可能与其他ClassⅠ类或ClassⅡ类TCP转录因子互作形成二聚体,协调调控细胞壁相关基因的转录,从而影响纤维伸长和纤维细胞壁加厚。总之,通过ChIP-seq和转录组的结合分析,我们发现GhTCP15可能通过直接影响细胞壁相关基因的表达来调控棉纤维的伸长和细胞壁加厚。此外GhTCP15可能与GhTCP4和GhTCP8等因子相互作用来精细协调棉纤维网络。这些结果表明GhTCP15在纤维发育过程中具有重要功能。
李中华[4]（2021）在《多组学数据揭示棉花纤维发育转换期的遗传调控机制和重要代谢物》文中认为棉花是一种重要的经济作物,纤维是其最重要的产物。对棉花纤维发育机制进行研究有助于更好地改良纤维品质。棉花纤维品质的多样性是由多种遗传变异决定的。本研究通过对棉花自然群体材料纤维进行转录组和代谢组分析,揭示了纤维细胞从快速伸长到次生壁合成的转换时期纤维发育的遗传调控网络,同时鉴定到参与该过程的重要代谢物,并验证了与纤维品质显着相关的类黄酮代谢途径基因GhCHS和GhDFR在纤维发育中的功能。主要结果如下:1.GWAS和eQTL整合分析揭示启动棉花纤维次生细胞壁合成的遗传调控机制。本研究对251份棉花自然群体进行了全基因组关联分析（GWAS）,鉴定了28个与异源四倍体棉花纤维品质相关的基因位点。为了研究这些位点的调控作用,对棉花自然群体开花后15天（15 DPA）的纤维进行了转录组测序,鉴定到15330个表达数量性状位点（eQTL）。通过全转录组关联分析（TWAS）,利用近端eQTL和纤维品质GWAS数据优化GWAS结果,获得13个可能影响纤维品质的因果基因。对远端eQTL的分析揭示了棉花两个亚基因组之间存在非对称的遗传调控模式,表现为A亚基因组中大量的基因受到D亚基因组的转录调控。位于D亚基因组上的eQTL热点Hot216调控了962个基因的表达,形成了一个全基因组的遗传调控网络。对Hot216的分析发现,Hot216可能编码了一个KIP相关蛋白KRP6。对Hot216调控的e Gene的分析表明,Hot216主要的功能是调控与细胞壁合成相关基因的表达,从而介导纤维从快速伸长到次生壁合成之间的转换,最终影响纤维长度。本研究构建了棉花15DPA纤维细胞发育的遗传调控网络,提出了纤维细胞伸长过程中次生细胞壁合成的遗传调控机制。2.棉花自然群体代谢组学分析鉴定到纤维品质显着相关代谢物。为了研究代谢物与棉花纤维品质的关系,本研究利用18份遗传和纤维品质差异大的陆地棉材料,取其5个不同发育时期纤维,构建了含有961个代谢物的棉花15DPA纤维特异的二级质谱标签（MS2T）数据库,并对MS2T库中272个代谢物进行了注释。利用MS2T数据库,对279份棉花自然群体15 DPA纤维进行了广泛靶向代谢组测定。对棉花自然群体代谢物变异分析发现,群体纤维中存在丰富的代谢变异。群体代谢物聚类分析发现二倍体棉种与四倍体棉种分为两簇,且陆地棉和海岛棉分为两簇。对有注释信息的代谢物的相关性分析发现,代谢物之间的相关关系非常复杂,但同类代谢物之间的相关性更强。对272个已知代谢物与纤维品质性状的相关性分析发现,氨基酸及氨基酸衍生物,糖类和脂类这三大基础代谢主要与纤维产量性状（单铃重和衣分）正相关。对961个代谢物与纤维品质相关性分析分别鉴定到:97个代谢物与纤维马克隆值显着相关,130个代谢物与纤维断裂比强度显着相关,239个代谢物与纤维长度显着相关。其中香豆素类和黄酮类代谢物与纤维强度和纤维长度的相关性较大。本研究通过对棉花自然群体15 DPA纤维的代谢组分析,揭示了纤维快速伸长到次生壁合成转换时期纤维中代谢物之间的相关性网络,并鉴定到与纤维品质显着相关的代谢物,为开发代谢标记应用于纤维品质改良打下了基础。3.类黄酮合成代谢基因GhCHS和GhDFR下调表达抑制纤维发育。对四倍体陆地棉和海岛棉中类黄酮合成代谢中两个关键基因CHS和DFR的基因家族鉴定发现,CHS在陆地棉和海岛棉染色体上呈非对称性的分布。构建Ca MV35S启动子驱动的GhCHS和GhDFR保守区干涉的载体,转化陆地棉材料YZ1。对纯系干涉材料的纤维品质分析发现:GhCHS干涉系纤维长度变短,马克隆值增高,纤维强度变小,整齐度降低;GhDFR干涉材料马克隆值显着降低（从对照5.6降低到3.0）,纤维强度增大,整齐度降低,整体纤维品质变差。同时GhDFR干涉材料单铃重、籽指、衣指均显着减小。通过切片染色对转基因材料中内源类黄酮物质检测发现,GhCHS和GhDFR干涉系材料中黄酮类化合物含量显着降低。液相质谱测定干涉材料纤维中类黄酮物质含量发现:在纤维发育早期,GhCHS干涉材料中,柚皮素含量显着降低,GhDFR干涉材料中,槲皮素和山奈酚含量升高。这一结果说明棉花纤维中存在着复杂的类黄酮代谢。通过杂交将GhCHS和GhDFR干涉片段导入到棕色棉中发现,含有GhCHS干涉片段的F1植株的纤维颜色显着变浅,含有GhDFR干涉片段的F1植株的纤维颜色变深,GhCHS和GhDFR影响了棕色棉色素形成和沉积。
宋玥[5]（2021）在《利用多组学解析野生稻驯化成栽培稻的基因表达模式变异》文中研究指明水稻（O.sativa L.）是世界上最重要的粮食作物之一,但水稻现代育成品种在驯化过程中丢失了大量的优异基因,所以解析驯化过程中多样性变异规律为作物农艺性状的遗传改良提供理论依据。目前与驯化相关的基因组多样性变异规律研究开展较多,但是不能完全解释栽培稻和野生稻的表型差异,所以,从基因组角度研究栽培稻的驯化历史尚存在不足。本研究选择具有代表性的187份亚洲栽培稻和普通野生稻为研究材料,在表型鉴定和群体基因组测序的基础上,分别选取叶片、孕穗期幼穗、开花期小花和灌浆期穗四个时期的组织进行转录组测序,整合基因组、转录组和表型数据,利用差异表达分析、e QTL分析和WGCNA分析,研究驯化过程中基因表达模式的变异、基因组变异与基因表达模式的关系和基因表达模式对重要农艺性状的影响。取得主要结果如下:1.对1872份普通野生稻和栽培稻的12个重要农艺性状进行分析,在抽穗期、花药长度、粒长、粒宽和粒重5个农艺性状上变异系数范围为6.4%～17.1%,发现遗传距离与地理距离有显着的正相关性,根据表型的聚类分析和群体内多样性差异选择了95份栽培稻,82份野生稻进行后续分析。2.对选择的187份样本材料进行重测序,过滤后得到5,102,613个SNP变异,利用这些分子标记,分别用邻接树法,主成分分析和STRUCTURE三种方法确定了G1（O.sativa ssp.indica）和G2（O.sativa ssp.japonica）两个栽培稻类群以及G3（w-j）和G4（w-i）两个野生稻类群。3.对187份样品的叶片、孕穗期幼穗、小花和灌浆期穗四种组织进行转录组测序,一共获得了695份转录测序数据。一共发现53376个表达基因,有8666个为首次发现的新基因。9859个基因是四个组织均含有的保守基因,4169个为组织特异性基因。利用这些基因的表达量差异,我们通过主成分分析法,发现在四个组织中的基因群体表达模式不尽相同,其中叶片组织基因群体表达模式与DNA的分群结果较为一致,而孕穗期幼穗、小花和灌浆期穗三个生殖阶段的组织群基因表达模式一致。选取叶片和孕穗期幼穗分别代表营养生长和生殖生长阶段,进行基因差异表达分析,相对于栽培组来说,野生组在叶片组织中发现了3279个下调基因,2830个上调基因,在幼穗组织中发现了2871个下调基因,6589个上调基因,说明栽培组和野生组在生殖上分化更明显。4.用eQTL的方法分别在叶片、幼穗、小花和灌浆期穗中找到受cis-e QTL和trans-e QTL调控的基因9388,8550,6975和7799个,这些调控位点在基因组上存在一些密集分布的区段。用WGCNA的方法对表达的基因和11个重要农艺性状做关联分析,在四个组织中分别找到了14、24、31和18个与表型性状相关的基因共表达模块,并对3个与粒型多样性形成相关的基因在中花11中做了CRISPR实验,发现基因敲除后粒宽变窄。
杜海东[6]（2021）在《番茄短节间形成的相关基因挖掘》文中指出番茄（Solanum lycopersicum L.）是世界上广泛栽培的园艺作物,随着种植面积的不断扩大、耕地面积逐渐减少以及劳动力供给的结构性短缺等矛盾日益突出,对农业可持续发展造成严重影响。而矮小、紧凑的理想株型在番茄保护地栽培中可以提早成熟、增强抗倒伏性、适合省力化栽培等优势,对提高番茄栽培效益具有重要意义。目前对于番茄节间长度,特别是关于短节间形成的发育调控研究十分有限。为解析番茄短节间形成的分子调控机制,本研究以两个节间长度不同的番茄自交系‘CH’和‘DH’为研究材料,通过表型鉴定、生理生化分析、细胞学观察、转录组学分析及候选基因生物信息学分析等方法进行深入研究,主要结果如下:1、通过测量6个时期的节间长度,绘制生长动态图,发现两材料在T25时期,除茎粗外,在株高、节间长度方面差异不显着;在T35时期,两材料在节间长度、株高、茎粗均表现出极显着差异。通过细胞学观察发现,短节间番茄‘CH’相对于正常节间番茄‘DH’表现为组织内部细胞长度缩短和细胞占比面积小。通过对两材料两个时期的生理生化指标分析发现,除T25时期的IAAO外,POD、SOD等测量指标均表现出极显着差异。2、对T25、T35两个时期的茎段进行转录组测序,共获得77.36 Gb Clean Data。对T25、T35两个时期差异表达基因通路注释分析,这些基因主要涉及植物激素信号转导通路,通过对该通路进一步分析,筛选出4个（GID1B、GH3.10、ARR3和IAA13）可能是参与调控番茄短节间形成的相关基因。3、对GH3.10基因进行生物信息学和时空表达模式发现,GH3.10基因编码一个含600个氨基酸的蛋白质,经预测该蛋白被定位于细胞质中,蛋白二级结构显示,其包含40.83%的α螺旋、5.17%的β折叠、39.33%的无规则卷曲;经同源性比对分析发现,该蛋白与茄子同属一个分支,同源关系最近,与黄瓜、玉米的同源关系最远。时空表达结果显示,GH3.10在短节间番茄‘CH’中的不同组织部位均发生表达,但在叶部的表达量最高,茎部的表达量次之,根部的表达量最低。
刘文龙[7]（2021）在《聚天冬氨酸保水剂对土壤微生态的影响及其降解菌的分离鉴定》文中研究表明聚天冬氨酸保水剂（PASP）是一种环境友好、可生物降解、具有保水、保肥能力的高分子水凝胶材料,适用于新疆的碱性沙壤土,对解决新疆农业的水资源短缺问题具有重要作用。本文研究了PASP对土壤含水量、土壤微生物群落、土壤理化性质等土壤微生态指标以及棉花产量和纤维品质的影响。施用聚天冬氨酸保水剂能够明显提高棉田土壤的持水能力,在棉花的整个生育期,棉田土壤的体积含水量平均提高了4%以上,使棉花根系长期处于较高的含水量水平。与对照组相比,PASP处理显着提高了土壤有机质、速效磷、铵态氮的含量,提高了过氧化氢酶和碱性磷酸酶的酶活性,降低了脲酶的活性。PASP的施加,改变了土壤的微生物群落结构,并且对细菌群落的影响大于真菌群落。PASP对Methylophaga、Sphingomonas、Cupriavidus、Pseudeurotium、Fusarium和Nectria影响显着。施用15 kg ha-1、75 kg ha-1和150 kg ha-1的PASP,相比于对照组,其棉田的籽棉产量分别提高了3.94%、8.31%和7.71%。棉田中施加PASP还显着提高了棉花的反射率、马克隆值和短纤维指数（p<0.05）。试验证明,75 kg ha-1的PASP施加量可以有效地缓解干旱半干旱地区的干旱胁迫。利用可培养技术和分子生物学技术对聚天冬氨酸保水剂降解菌进行分离鉴定。本文以施加过PASP的棉花田土样为研究材料,以PASP为唯一碳氮源的培养基作为分离培养基,共分离鉴定278株菌,分属于18个属,其中链霉菌（Streptomyces）、芽孢杆菌（Bacillus）、根瘤菌（Rhizobium）、新鞘脂菌属（Novosphingobium）、类诺卡氏菌属（Nocardioides）、草螺菌（Herbaspirillum）、寡养单胞菌（Stenotrophomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）和水生细菌（Aquabacterium）占比较高。通过对聚天冬氨酸保水剂降解功能进行初筛,从中获得25株功能菌株,并对菌株新物种TRM 66268-LWL进行降解性能验证,发现其对PASP的降解率超过70%。采用多相分类方法鉴定了具有PASP降解功能的放线菌新物种TRM 66268-LWL,命名为聚天冬氨酸链霉菌Streptomyces polyasparticus。菌株为革兰氏阳性菌,气生菌丝为白色,孢子呈球形,能够较好地在以PASP为唯一碳源或碳氮源的培养基上生长。菌株TRM 66268-LWL全基因组大小为10.2Mb,（G+C）%含量为70.11%。菌株TRM 66268-LWL与最相似菌株Streptomyces indicus IH32-1T的核苷酸同源性平均值（ANI）为85.49%,DNA-DNA杂交值（d DDH）为30.40%。全细胞水解糖类型为核糖、甘露糖以及阿拉伯糖,全细胞氨基酸类型为L,L-二氨基庚二酸（L,L-diaminopimelic,L,L-DAP）,细胞膜磷脂类脂类型为磷脂酰乙醇胺（phosphatidylethanolamine,PE）、双磷脂酰甘油（diphosphatidylglycerol,DPG）、磷脂酰肌醇甘露糖苷（phatidylinositol mannoside,PIM）、磷脂酰肌醇（phosphatidylinositolsphos,PI）和两个未知类型的磷脂L1、L2。该菌株主要的脂肪酸类型为iso-C16:0（14.01%）,anteiso-C15:0（13.44%）,cis-C16:1（13.35%）,C15:0（11.92%）和C16:0（10.56%）;主要的甲基萘醌类型为MK-7、MK-7（H4）、MK-9（H8）和MK-10（H6）。最适生长条件为28℃,1%Na Cl,p H 7.0。保藏号为TRM 66268-LWL=CCTCC AA 2020003=LMG 32106。
王凯旋[8]（2021）在《ERFⅦ调控黄瓜耐涝性的分子机制解析》文中进行了进一步梳理黄瓜（Cucumissativus L.）是葫芦科甜瓜属一年生攀缘性草本植物,为我国主要栽培蔬菜之一。随着全球环境恶化,温室效应导致全球气候变暖,致使雨涝灾害现象频频发生。19年在我国江南和华南地区,年雨涝频率超过30%,涝害已成为危害作物生长的重要制约因子。黄瓜由于其根系入土浅、通气组织不发达、吸收能力弱、再生能力差极易受涝胁迫危害。受涝后的黄瓜幼苗出现子叶褪绿变黄,真叶皱缩弯曲停止生长,下胚轴变脆开裂且易折断。成株期受涝则会影响其果实产量及品质。涝胁迫后下胚轴产生的不定根数是黄瓜耐涝性强弱的特征性表型。前期通过对黄瓜种质资源苗期耐涝性鉴定,筛选出耐涝品系Zaoer-N,对耐涝品系Zaoer-N进行连续多年淹涝观察均发现其下胚轴形成不定根能力强。下胚轴上产生的不定根可迅速取代因缺氧而逐渐凋亡的初生根,从环境中快速吸收氧气和营养物质,以缓解涝胁迫危害。乙烯响应因子（Ethylene response factor,ERF）第七亚家族（ERFVII）基因参与淹涝和低氧适应性反应。本研究采取形态解剖学、生理学及分子生物学等多种手段相结合,旨在探索ERFVII在涝胁迫诱导不定根形成中的作用,解析不定根发生的机制。主要研究结果如下:1、淹涝结合乙烯合成前体ACC处理显着促进涝胁迫条件下不定根的形成,而淹涝结合乙烯合成抑制剂AOA处理,则极显着抑制不定根的形成。高效液相色谱测定结果表明:淹涝处理后,ACC的含量随着涝胁迫时间的延长在逐步提升,尤其在6h和48 h这两个时间点出现显着提升;进一步对乙烯释放量测定的结果显示:淹涝48 h后Zaoer-N下胚轴乙烯释放量显着高于未淹涝对照。以上研究结果表明,乙烯参与涝胁迫下黄瓜下胚轴不定根的形成过程。2、黄瓜基因组中共鉴定到5个ERFVII家族基因,分别为CsERF7-1、CsERF7-2、CsERF7-3、CsERF7-4、CsERF7-5。qRT-PCR结果表明:涝胁迫处理后,CsERF7-1、CsERF7-2、CsERF7-5表达无显着规律性,而CsERF7-3与CsERF7-4在整个淹涝过程中表达量与未淹涝对照间存在显着差异,且CsERF7-4是CsERF7-3表达量的5倍以上。3、为验证CsERF7-4基因在植物细胞中的作用部位,构建了融合表达载体pCAMBIA1301-CsERF7-4-GFP,通过农杆菌瞬时转化烟草表皮细胞中观察荧光信号所在位置的方法,验证了CsERF7-4的亚细胞定位。结果表明:CsERF7-4蛋白定位于细胞核中。4、为了进一步明确CsERF7-4调控黄瓜不定根形成的功能,构建了干扰载体35S::iCsERF7-4,通过农杆菌介导转化黄瓜Zaoer-N,共得到抗性苗4株。通过对转基因株系CsERF7-4基因的表达分析,发现CsERF7-4基因的表达量显着下调,仅有野生型的50%左右。进一步对转基因株系进行淹涝处理发现:RNAi植株下胚轴无不定根形成,而野生型植株下胚轴有大量不定根形成,表明CsERF7-4参与涝胁迫条件下黄瓜不定根的形成。5、对RNAi株系与野生型的下胚轴淹涝后的转录组测序及生物信息学分析发现:与糖代谢相关、细胞壁相关、激素相关、抗氧化相关、转录因子相关的基因表达受到调控。进一步通过 qRT-PCR 验证了CsaV33G007750,CsaV32G034700,CsaV3 4G014880差异表达基因参与黄瓜涝胁迫应答反应。6、使用凝胶迁移实验（Electrophoretic mobility shift assay,EMSA）研究了 CsERF7-4与下游基因启动子区域ATCTA的结合能力结果显示:含有ATCTA元件的wt探针能够与CsERF7-4蛋白结合形成迁移条带,而不含ATCTA元件的突变型探针（GCTCG）则不能与CsERF7-4蛋白结合形成迁移条带。该结果表明:CsERF7-4能够通过结合下游基因启动子区域的ATCTA元件以调控CsARN6.1表达。
桑娜[9]（2021）在《棉花成花素GhFT及受体14-3-3蛋白家族调控开花的功能研究》文中研究说明开花转变是植物繁殖的重要过程,受到外界环境和内在发育机制的影响。作为“成花素”的FLOWERING LOCUS T（FT）蛋白与其受体14-3-3以及b ZIP转录因子FD在细胞核中形成成花素激活复合物（florigen activation complex,FAC）,影响下游靶基因的表达,从而调控植物开花时间及株型建立。在棉花中,FT基因功能的研究还不深入,而14-3-3基因目前的研究主要集中在纤维细胞的起始和伸长、盐和干旱胁迫以及抗黄萎病等方面。FT和14-3-3蛋白是否也是棉花FAC的组成部分,它们在棉花中调控开花的分子网络还不清楚。本研究通过对棉花GhFT及14-3-3（GENERAL REGULATORY FACTOR,GRF）基因的功能进行研究,明确了Gh GRF蛋白与GhFT的关系,解析了二者在棉花开花和株型调控中的部分分子调控网络,为调控棉花开花和生长时期提供方向,进而为提高棉花产量等育种工作提供理论基础。本论文研究的主要内容和结果如下:1.GhFT基因功能的研究调控序列分析发现亚洲棉、陆地棉和雷蒙德氏棉5.9-kb FT启动子上存在5个插入缺失位点。因重复序列存在于1.0-kb启动子后,将1.8-kb FT启动子截短为1.0-kb,发现均可部分互补ft-10突变体的晚花表型,但1.0-kb FT启动子比1.8-kb恢复突变体ft-10晚花表型的能力更强。利用病毒诱导的基因沉默（Virus induced gene silencing,VIGS）技术沉默GhFT基因,导致棉花晚花并且株高增加;进一步构建GhFT第1和第2外显子上的CRISPR/Cas9基因编辑载体,对获得的转基因棉花进行测序发现,编辑类型多样,植株表现出无限生长、顶端成簇和顶端叶片边缘锯齿状。花身份特征基因APETALA1（AP1）和SUPPRESSOR OF OVEREXPRESSION OF CONSTANS 1（SOC1）的同源基因Gh AP1和Gh SOC1的表达量降低,而“抗花素”TERMINAL FLOWER1（TFL1）的同源基因Gh TFL1基因的表达量升高。以GhFT作为诱饵蛋白,通过酵母双杂（Yeast Two-hybrid,Y2H）技术,初步筛选出39个与GhFT互作的蛋白,这些蛋白参与氧化还原、RNA合成、转录调控、蛋白质折叠和电子转运、生长素应答和多种代谢过程等。此外,克隆了被注释为14-3-3 protein 6的全长CDS序列,命名为Gh GRF。进一步利用Y2H和双分子荧光互补（Bimolecular fluorescence complementation,Bi FC）证明了GhFT和Gh GRF蛋白主要在细胞质和细胞核中互作。2.棉花14-3-3（GRF）基因的功能研究利用全基因组分析从草棉（Gossypium herbaceum）、亚洲棉（G.arboreum）、陆地棉（G.hirsutum）和雷蒙德氏棉（G.raimondii）中分别鉴定出17、17、31和17个GRF基因,确定了文库筛选出的一个与GhFT互作的Gh GRF蛋白为Gh GRF15。对鉴定出的82个GRF的基因结构、基序组成、共线性和复制基因等进行了系统的分析,为该基因家族在棉花中的进化提供了新见解。实时荧光定量PCR证实Gh GRF基因家族成员在不同组织和胁迫应答中表现出不同的表达模式,暗示该基因家族功能的多样性。利用RT-PCR克隆了Gh GRF3/6/9/14/15基因,Y2H和Bi FC实验表明GhFT和Gh GRF3/6/9/14/15在细胞质和细胞核中发生互作,而Gh GRF3/6/9/14/15和Gh FD的互作发生在细胞核中,三者之间相互作用形成不同的FAC。此外,Y2H实验表明其它的Gh GRF蛋白也可与GhFT相互作用。利用VIGS技术发现Gh GRF3/6/9/15沉默植株早花,Gh AP1和Gh SOC1的表达量上调,而沉默Gh GRF14,棉花开花延迟,Gh AP1和Gh SOC1下调表达;在拟南芥中异源过表达Gh GRF3/6/9/15,抑制拟南芥At AP1和At SOC1的表达,从而抑制开花,而Gh GRF14的异源过表达,促进At AP1和At SOC1表达,促进拟南芥开花。综上所述,陆地棉中的GhFT不仅影响棉花开花,还调控棉花株型变化。Gh GRF3/6/9/14/15作为GhFT的受体蛋白,二者可以和Gh FD在细胞核中结合形成GhFT–Gh GRF3/6/9/14/15–Gh FD复合体。FAC的功能受其组成成分Gh GRF的影响,通过调控AP1和SOC1的表达促进或抑制棉花开花,初步阐明了棉花开花调控的分子网络,这为改变棉花开花时间从而改变棉花生长周期提供参考,同时也为棉花新株型的培育提供理论基础和指导。
贾冰,马建江,宋吉坤,裴文锋,吴嫚,臧新山,张金发,陈全家,于霁雯[10]（2021）在《陆地棉自然群体纤维强度性状的全基因组关联分析》文中进行了进一步梳理纤维强度是衡量棉花纤维品质的重要指标之一。了解棉纤维强度形成的遗传基础对棉花纤维品质的遗传改良具有重要的指导意义。本研究利用83份纤维强度差异显着的陆地棉材料,采用广义线性模型（General linear model, GLM）,对5个环境的纤维强度及最佳线性无偏估计值（Best linear unbiased prediction,BLUP）进行全基因组关联分析（Genome-wide association study,GWAS）。结果表明,各环境纤维强度基本符合正态分布,且存在丰富的变异,变异系数为5.55%～8.44%,广义遗传力达到88.67%。GWAS共检测到19个稳定的显着关联SNP位点,分布在A01、A06、D05、D08、D10、D11和D13等7条染色体上,合并为9个数量性状位点（Quantitative trait locus, QTL）区间,其中4个QTL区间与前人定位的QTL区间重叠,其它5个QTL区间是本研究新发现的控制纤维强度性状的稳定位点。根据区间内基因的表达模式及功能注释,共筛选出4个可能与纤维强度相关的候选基因。本研究通过对棉花纤维强度进行全基因组关联分析,为棉花纤维品质性状的分子遗传改良奠定了基础。
二、Analysis of Functional Genes for Cotton Fiber Development（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Analysis of Functional Genes for Cotton Fiber Development（论文提纲范文）
（1）二球悬铃木表皮毛发育调控基因PaTCP4、PaTCP15和PaNAC089的功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 植物表皮毛发育的调控机制 |
| 1.2.1 拟南芥表皮毛发育的分子调控机制 |
| 1.2.2 棉纤维发育的分子调控机制 |
| 1.3 TCP家族转录因子调控表皮毛的发育 |
| 1.4 NAC家族转录因子调控表皮毛的发育 |
| 1.5 二球悬铃木表皮毛发育的研究进展 |
| 1.6 本研究的意义 |
| 第二章 二球悬铃木各部位表皮毛的形态观测及果皮毛转录组测序分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 植物材料 |
| 2.2.2 RNA提取与反转录 |
| 2.2.3 转录组测序数据组装及功能注释 |
| 2.2.4 基因表达量分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 二球悬铃木雌花结构与表皮毛种类 |
| 2.3.2 二球悬铃木果皮毛转录组测序结果分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 二球悬铃木表皮毛的种类及功能 |
| 2.4.2 二球悬铃木表皮毛发育的调控涉及多种植物激素与众多转录因子 |
| 第三章 二球悬铃木PaTCP4基因的克隆及功能分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 植物材料 |
| 3.2.2 菌株与载体 |
| 3.2.3 基因克隆与启动子分离 |
| 3.2.4 序列比对及进化树分析 |
| 3.2.5 载体构建 |
| 3.2.6 亚细胞定位 |
| 3.2.7 拟南芥转化及阳性苗表型观察与统计 |
| 3.2.8 基因表达分析 |
| 3.2.9 酵母单杂交实验 |
| 3.2.10 双荧光素酶报告系统实验 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 PaTCP4转录因子序列分析 |
| 3.3.2 PaTCP4在二球悬铃木各个器官中的表达分析 |
| 3.3.3 PaTCP4亚细胞定位 |
| 3.3.4 PaTCP4在拟南芥中的功能验证 |
| 3.3.5 异源超表PaTCP4影响拟南芥中表皮毛相关基因的表达 |
| 3.3.6 PaTCP4直接激活拟南芥AtCPC和AtTCL2 |
| 3.3.7 PaTCP4在拟南芥中直接激活AtGIS和AtGL3 |
| 3.3.8 PaTCP4直接激活二球悬铃木PaGL3和PaGIS |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 PaTCP4直接激活AtCPC和AtTCL2表达以调控表皮毛的诱导 |
| 3.4.2 PaTCP4直接激活AtGL3和AtGIS及其同源基因表达以调控表皮毛分支 |
| 第四章 二球悬铃木Pa TCP15 基因的克隆及功能分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 PaTCP15转录因子序列分析 |
| 4.3.2 PaTCP15在二球悬铃木各个组织/器官中的表达分析 |
| 4.3.3 PaTCP15亚细胞定位 |
| 4.3.4 PaTCP15启动子分析 |
| 4.3.5 PaTCP15在拟南芥中的功能验证 |
| 4.3.6 异源超表PaTCP15影响拟南芥中下游基因的表达 |
| 4.3.7 PaTCP15直接激活拟南芥中AtIAA3与AtZFP6 |
| 4.3.8 PaTCP15直接激活PaZFP5 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 PaTCP15调控表皮毛的诱导与发育 |
| 4.4.2 PaTCP15可能整合多种激素调控通路以参与悬铃木的生长发育 |
| 第五章 二球悬铃木PaNAC089基因的克隆及功能分析 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料方法 |
| 5.2.1 截断序列 |
| 5.2.2 载体构建 |
| 5.2.3 转基因植株的花期统计 |
| 5.2.4 叶绿素含量测定 |
| 5.2.5 LUC瞬时表达分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 PaNAC089转录因子序列分析 |
| 5.3.2 PaNAC089在二球悬铃木各个组织/器官中的表达分析 |
| 5.3.3 亚细胞定位 |
| 5.3.4 ?PaNAC089直接抑制AtCO的表达延缓拟南芥开花 |
| 5.3.5 ?PaNAC089通过抑制CCGs的表达而促进拟南芥叶绿素的积累 |
| 5.3.6 ?PaNAC089抑制拟南芥表皮毛的诱导 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 PaNAC089编码膜系转录因子 |
| 5.4.2 ?PaNAC089通过直接抑制AtCO表达而延迟拟南芥开花 |
| 5.4.3 ?PaNAC089抑制拟南芥叶绿素的降解 |
| 5.4.4 ?PaNAC089抑制拟南芥表皮毛诱导 |
| 第六章 总结与展望 |
| 6.1 总结 |
| 6.1.1 二球悬铃木果皮毛转录组测序 |
| 6.1.2 PaTCP4和PaTCP15的功能 |
| 6.1.3 PaNAC089的功能 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（3）棉花纤维发育相关基因GhGRAM31和GhTCP15的克隆和功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 棉花纤维发育概述 |
| 1.1.1 棉花概述 |
| 1.1.2 棉花纤维发育 |
| 1.2 棉花纤维发育机理研究进展 |
| 1.2.1 激素对纤维发育的影响 |
| 1.2.2 功能基因对纤维发育的影响 |
| 1.2.3 转录因子对纤维发育的影响 |
| 1.2.3.1 MYB类转录因子 |
| 1.2.3.2 HD类转录因子 |
| 1.2.3.3 bHLH类转录因子 |
| 1.2.3.4 其他类型转录因子 |
| 1.3 GRAM家族基因研究进展 |
| 1.4 TCP家族基因研究进展 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 第二章 棉花GhGRAM31 基因的克隆和功能分析 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.1.1 植物材料 |
| 2.1.1.2 载体和菌株 |
| 2.1.2 实验方法 |
| 2.1.2.1 棉花GRAM基因家族鉴定 |
| 2.1.2.2 系统进化树、序列特性及结构、组织表达分析 |
| 2.1.2.3 GhGRAM31 基因的克隆 |
| 2.1.2.4 GhGRAM31 超量表达和干涉载体的构建 |
| 2.1.2.5 DNA提取和Southern blotting |
| 2.1.2.6 RNA提取和表达量检测 |
| 2.1.2.7 棉花总蛋白提取和Western blotting检测 |
| 2.1.2.8 扫描电镜观察纤维突起 |
| 2.1.2.9 纤维长度和品质的测量 |
| 2.1.2.10 亚细胞定位 |
| 2.1.2.11 酵母双杂交(Y2H) |
| 2.1.2.12 原核表达和pull-down实验 |
| 2.1.2.13 双分子荧光互补实验(BiFC)和荧光素酶互补成像分析实验(LCI) |
| 2.1.2.14 棉花原生质体分离和双荧光素酶报告基因检测系统实验 |
| 2.2 结果和分析 |
| 2.2.1 四个棉种GRAM家族的鉴定 |
| 2.2.2 四个棉种GRAM家族的进化和结构分析 |
| 2.2.3 陆地棉GRAM家族的组织表达模式 |
| 2.2.4 陆地棉GhGRAM31 基因的表达分析和亚细胞定位 |
| 2.2.5 GhGRAM31 干涉棉花株系的获得 |
| 2.2.6 GhGRAM31 干涉棉花株系表型的鉴定 |
| 2.2.7 GhGRAM31 干涉棉花株系纤维中差异表达基因分析 |
| 2.2.8 GhGRAM31 超量表达棉花株系纤维表型的鉴定 |
| 2.2.9 GhGRAM31 互作蛋白的筛选 |
| 2.2.10 GhGRAM5和GhGRAM35 互作蛋白鉴定 |
| 2.2.11 GhGRAM31和GhGRAM35 促进GhHD1 的转录活性 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 陆地棉GRAM基因家族的鉴定和分析 |
| 2.3.2 陆地棉GhGRAM31 影响纤维发育 |
| 2.3.3 陆地棉GhGRAM31 参与复杂调控网络 |
| 第三章 棉花GhTCP15 基因的克隆和功能分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.1.1 植物材料 |
| 3.1.1.2 载体和菌株 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.2.1 GhTCP15 超量表达载体的构建 |
| 3.1.2.2 DNA提取和Southern blotting |
| 3.1.2.3 RNA提取和表达量检测 |
| 3.1.2.4 棉花总蛋白提取和Western blotting检测 |
| 3.1.2.5 纤维长度和品质的测量 |
| 3.1.2.6 石蜡切片 |
| 3.1.2.7 亚细胞定位 |
| 3.1.2.8 染色质免疫共沉淀(ChIP) |
| 3.1.2.9 双荧光素酶报告基因检测系统实验 |
| 3.1.2.10 酵母单杂交(Y1H) |
| 3.1.2.11 酵母双杂交(Y2H) |
| 3.1.2.12 双分子荧光互补实验和荧光素酶互补成像分析实验 |
| 3.2 结果和分析 |
| 3.2.1 陆地棉GhTCP15 基因序列和结构分析 |
| 3.2.2 陆地棉GhTCP15 基因的表达分析和亚细胞定位 |
| 3.2.3 GhTCP15 纤维特异超量表达材料的获得 |
| 3.2.4 GhTCP15 超量表达株系表型鉴定 |
| 3.2.5 ChIP-Seq鉴定GhTCP15 结合的基因 |
| 3.2.6 ChIP-qPCR验证ChIP-Seq结果 |
| 3.2.7 RNA-Seq检测GhTCP15 调控的基因 |
| 3.2.8 GhTCP15 靶基因的鉴定 |
| 3.2.9 GhTCP15 通过细胞壁相关基因调控纤维发育 |
| 3.2.10 GhTCP15 互作蛋白的筛选 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 棉花中TCP基因家族的分析 |
| 3.3.2 陆地棉GhTCP15 影响细胞壁合成 |
| 3.3.3 陆地棉GhTCP15 在纤维发育过程中存在复杂的调控机制 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间参与发表和已发表的论文 |
| 致谢 |
（4）多组学数据揭示棉花纤维发育转换期的遗传调控机制和重要代谢物（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 棉花纤维发育概述 |
| 1.2 复杂性状的遗传变异解析 |
| 1.2.1 GWAS在植物研究中的应用 |
| 1.2.2 eQTL定位方法 |
| 1.2.3 TWAS的开发及应用 |
| 1.3 代谢组学在植物研究中的应用 |
| 1.3.1 代谢组学概述 |
| 1.3.2 高通量代谢组开发 |
| 1.3.3 代谢组学在植物研究中的应用 |
| 1.3.4 单细胞及亚细胞代谢组 |
| 1.4 类黄酮代谢及木质素与棉花纤维发育 |
| 1.4.1 类黄酮代谢与棉花纤维发育 |
| 1.4.2 木质素与棉花纤维发育 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 GWAS和 eQTL整合解析启动棉花纤维次生细胞壁合成的遗传调控机制 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 RNA提取和测序 |
| 2.1.3 RNA-Seq数据作图和分析 |
| 2.1.4 基因组SNPs的鉴定 |
| 2.1.5 纤维品质性状的GWAS分析 |
| 2.1.6 表达QTL(eQTL)的鉴定 |
| 2.1.7 TWAS |
| 2.1.8 网络构建 |
| 2.1.9 差异表达基因和GO富集分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 纤维品质性状的GWAS分析 |
| 2.2.2 群体转录组测序和eQTL分析 |
| 2.2.3 纤维品质相关性状的TWAS分析 |
| 2.2.4 eQTL分析揭示不均等的亚基因组转录调控 |
| 2.2.5 eQTL热点和纤维长度调控网络的鉴定 |
| 2.2.6 基因组和转录变异对纤维长度的影响 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 eQTL分析将调控变异与基因转录关联起来 |
| 2.3.2 亚基因间的调控增加了基因转录的调控复杂性 |
| 2.3.3 Hot216 介导的基因调控网络参与植物次生细胞壁的形成 |
| 第三章 棉花自然群体代谢组测定及纤维品质相关代谢物分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料的种植与取样 |
| 3.1.2 代谢组样品的提取与制备 |
| 3.1.3 构建纤维MS2T库的LC-MS的条件与参数 |
| 3.1.4 陆地棉群体15 DPA纤维代谢组的测定 |
| 3.1.5 群体纤维品质测定及数据处理 |
| 3.1.6 代谢组遗传力和CV |
| 3.1.7 聚类、PCA及相关性分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 棉花自然群体代谢组自然变异分析 |
| 3.2.2 15 DPA纤维代谢物相关性分析 |
| 3.2.3 15 DPA纤维代谢物与纤维品质的相关性分析 |
| 3.2.4 纤维品质性状显着相关代谢物分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 15 DPA纤维代谢组分析鉴定到大量纤维品质相关代谢物 |
| 3.3.2 代谢组与多组学的整合解析复杂性状的遗传调控网络 |
| 第四章 类黄酮代谢途径基因GhCHS和 GhDFR在纤维发育中的功能分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 基因家族鉴定和表达热图分析 |
| 4.1.3 载体构建 |
| 4.1.4 遗传转化与组织培养 |
| 4.1.5 棉花DNA提取和Southern杂交 |
| 4.1.6 总RNA的提取及qRT-PCR基因表达量分析 |
| 4.1.7 纤维品质测定 |
| 4.1.8 类黄酮物质的组织化学染色 |
| 4.1.9 花青素及类黄酮物质含量测定 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 棉花CHS和 DFR基因家族鉴定和表达模式分析 |
| 4.2.2 GhCHS和 GhDFR干涉转基因棉花材料的创制 |
| 4.2.3 GhCHS和 GhDFR干涉棉花材料表型检测 |
| 4.2.4 干涉GhCHS和 GhDFR表达影响了类黄酮代谢 |
| 4.2.5 GhCHS和 GhDFR参与了棕色棉纤维色素形成 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 GhCHS和 GhDFR在纤维发育中有非常重要的功能 |
| 4.3.2 棉花纤维中存在着复杂的类黄酮代谢 |
| 4.3.3 棕色棉色素成分为类黄酮物质 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间已发表和待发表论文 |
| 致谢 |
（5）利用多组学解析野生稻驯化成栽培稻的基因表达模式变异（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 作物驯化研究进展 |
| 1.1.1 作物驯化研究背景 |
| 1.1.2 转录调控在作物驯化中的研究进展 |
| 1.2 水稻驯化研究进展 |
| 1.2.1 在水稻驯化中基因组相关研究进展 |
| 1.2.2 转录调控在水稻中的研究进展 |
| 1.3 转录组学研究方法与进展 |
| 1.3.1 转录调控简介 |
| 1.3.2 转录调控的研究进展 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 第二章 研究策略和实验材料 |
| 2.1 研究策略 |
| 2.2 技术路线 |
| 2.3 实验材料 |
| 第三章 中国普通野生稻与栽培稻表型性状的研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料 |
| 3.2.2 试验方法 |
| 3.2.3 数据统计与分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 中国普通野生稻重要农艺性状的多样性 |
| 3.3.2 中国普通野生稻的重要农艺性状主成分分析 |
| 3.3.3 中国普通野生稻重要农艺性状的差异 |
| 3.4 普通野生稻与栽培稻表型鉴定 |
| 3.5 小结 |
| 3.5.1 中国普通野生稻遗传多样性丰富 |
| 3.5.2 农艺性状多样性对于新基因发掘和育种实践意义重大 |
| 第四章 群体结构与基因群体表达模式分析 |
| 4.1 实验方法 |
| 4.1.1 全基因组重测序与质控 |
| 4.1.2 序列比对及Variant检测 |
| 4.1.3 系统进化树的构建 |
| 4.1.4 主成分分析 |
| 4.1.5 群体结构分析 |
| 4.1.6 差异表达分析 |
| 4.2 结果分析 |
| 4.2.1 Variant数据分析 |
| 4.2.2 群体结构分析 |
| 4.2.3 群体基因表达模式分析 |
| 4.2.4 群体差异表达基因分析 |
| 4.3 小结 |
| 第五章 基因在各个组织中的表达模式分析 |
| 5.1 实验方法 |
| 5.1.1 RNA-seq文库的构建、测序和数据处理 |
| 5.1.2 基因表达定量 |
| 5.1.3 GO富集分析 |
| 5.2 结果分析 |
| 5.2.1 测序的初步结果 |
| 5.2.2 mapping与 FPKM值定量 |
| 5.2.3 组织表达基因与组织保守基因 |
| 5.2.4 泛转录组与新基因 |
| 5.3 小结 |
| 第六章 eQTL与 WGCNA分析 |
| 6.1 实验方法 |
| 6.1.1 eQTL中表达量与标记的关联分析 |
| 6.1.2 WGCNA方法 |
| 6.2 结果分析 |
| 6.2.1 eQTL分析表达量与标记的预处理 |
| 6.2.2 eQTL分析表达量与标记关联分析 |
| 6.2.3 顺式(cis-)与反式(trans-)eQTL的确定 |
| 6.2.4 显着关联标记去冗余 |
| 6.2.5 eQTL在基因组上的分布 |
| 6.2.6 eQTL统计 |
| 6.2.7 eQTL所对应的变异位点在基因组上的分布 |
| 6.2.8 WGCNA数据过滤 |
| 6.2.9 WGCNA模块划分 |
| 6.2.10 性状相关特征模块分析 |
| 6.2.11 候选基因的筛选与鉴定 |
| 6.3 小结 |
| 第七章 全文结论与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（6）番茄短节间形成的相关基因挖掘（论文提纲范文）
| 缩略词 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 作物植株高度遗传与改良研究 |
| 1.2 植物激素对节间长度调控研究 |
| 1.2.1 赤霉素对节间长度的调控 |
| 1.2.2 生长素对节间长度的调控 |
| 1.2.3 油菜素甾醇对节间长度的调控 |
| 1.3 株型矮化与代谢相关酶的关系研究 |
| 1.4 株型矮化与光合作用的关系研究 |
| 1.5 本研究目的与意义 |
| 1.6 技术路线 |
| 第二章 两个番茄品系苗期表型、生理生化及细胞学分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 CH和DH苗期表型性状比较分析 |
| 2.2.2 CH和DH茎段细胞学显微观察 |
| 2.2.3 CH和DH生理生化参数比较分析 |
| 第三章 两个番茄品系苗期节间长度的转录组学分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 总RNA提取及质量检测 |
| 3.1.2 建库、质控及测序 |
| 3.1.3 测序数据质量评估 |
| 3.1.4 转录组数据与参考基因组序列比对 |
| 3.1.5 基因表达量分析 |
| 3.1.6 重复相关性评估 |
| 3.1.7 差异表达基因分析 |
| 3.1.8 差异表达基因功能注释和富集分析 |
| 3.1.9 转录组测序结果验证及候选基因表达分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 样本总RNA的质量检测 |
| 3.2.2 测序数据质量评估 |
| 3.2.3 转录组数据与参考基因组序列比对 |
| 3.2.4 基因表达水平分析 |
| 3.2.5 差异表达基因筛选 |
| 3.2.6 差异表达基因GO注释 |
| 3.2.7 差异表达基因KEGG通路富集分析 |
| 3.2.8 番茄短节间形成相关基因挖掘 |
| 3.2.9 qRT-PCR验证 |
| 3.2.10 候选基因表达分析 |
| 第四章 番茄GH3.10 基因的生物信息学与表达模式分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 番茄GH3.10 蛋白理化性质分析 |
| 4.2.2 番茄GH3.10 蛋白信号肽及跨膜结构分析 |
| 4.2.3 番茄GH3.10 蛋白亚细胞定位及亲疏水性预测分析 |
| 4.2.4 番茄GH3.10 蛋白磷酸化和糖基化位点预测分析 |
| 4.2.5 番茄GH3.10 蛋白二级和三级结构预测分析 |
| 4.2.6 不同物种间GH3 蛋白同源性比较 |
| 4.2.7 番茄GH3.10 在不同器官的表达模式分析 |
| 第五章 讨论与结论 |
| 5.1 讨论 |
| 5.1.1 CH和DH表型、生理生化及细胞学比较分析 |
| 5.1.2 两个番茄品系苗期节间长度的转录组学分析 |
| 5.1.3 番茄GH3.10 基因生物信息学与表达模式分析 |
| 5.2 结论 |
| 第六章 创新点与展望 |
| 6.1 创新点 |
| 6.2 展望 |
| 参考文献 |
| 发表论文和参加科研情况说明 |
| 附录 A |
| 致谢 |
（7）聚天冬氨酸保水剂对土壤微生态的影响及其降解菌的分离鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 保水剂概述 |
| 1.1.1 保水剂简介 |
| 1.1.2 保水剂在农业上应用研究进展 |
| 1.1.3 保水剂对土壤特性和环境保护的研究进展 |
| 1.1.4 聚γ-谷氨酸降解研究进展 |
| 1.2 PASP的研究进展 |
| 1.2.1 PASP的合成 |
| 1.2.2 PASP的性能 |
| 1.2.3 PASP降解研究进展 |
| 1.3 研究目的与思路 |
| 1.3.1 研究目的 |
| 1.3.2 研究内容 |
| 1.3.3 技术路线 |
| 第2章 PASP对土壤微生态、棉花产量和品质的影响 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 场地描述和试验设计 |
| 2.1.2 试验材料 |
| 2.1.3 土壤含水量的测定 |
| 2.1.4 土壤样品的采集 |
| 2.1.5 土壤特性的测定 |
| 2.1.6 土壤总DNA的提取和高通量测序 |
| 2.1.7 棉花产量和纤维品质的评估 |
| 2.1.8 统计分析 |
| 2.2 实验结果与分析 |
| 2.2.1 PASP对土壤含水量的影响 |
| 2.2.2 PASP对土壤微生物群落的影响 |
| 2.2.3 PASP对土壤理化性质的影响 |
| 2.2.4 PASP作用下土壤微生物与环境因子的相关性关系 |
| 2.2.5 PASP的施加对棉花产量和纤维品质的影响 |
| 2.3 小结与讨论 |
| 2.3.1 小结 |
| 2.3.2 讨论 |
| 第3章 PASP降解菌多样性分析及降解性能研究 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 土壤样品的采集 |
| 3.1.2 实验中所用到的培养基 |
| 3.1.3 主要仪器和试剂 |
| 3.1.4 聚天冬氨酸保水剂降解菌的分离纯化与保藏 |
| 3.1.5 菌株16S rRNA基因鉴定 |
| 3.1.6 菌株对PASP降解率的检测 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 PASP土壤样品中可培养微生物的多样性 |
| 3.2.2 PASP降解菌株筛选和性能检测 |
| 3.3 小结与讨论 |
| 3.3.1 小结 |
| 3.3.2 讨论 |
| 第4章 PASP降解菌新物种TRM66268-LWL多相分类鉴定 |
| 4.1 实验材料与方法 |
| 4.1.1 菌株来源 |
| 4.1.2 主要仪器与试剂 |
| 4.1.3 菌株16S rRNA基因序列测定及系统进化树的构建 |
| 4.1.4 菌株保藏 |
| 4.1.5 菌株全基因组分析 |
| 4.1.6 多位点序列分析(MLSA) |
| 4.1.7 菌株形态特征 |
| 4.1.8 生理生化特征检测 |
| 4.1.9 细胞化学分类特征测定 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 TRM66268-LWL16S r RNA基因分析 |
| 4.2.2 TRM66268-LWL全基因组分析 |
| 4.2.3 菌株TRM66268-LWL形态特征 |
| 4.2.4 菌株TRM66268-LWL生理生化特征 |
| 4.2.5 菌株TRM66268-LWL与最相近菌株多相分类比较 |
| 4.2.6 聚天冬氨酸链霉菌Streptomyces polyasparticus TRM66268-LWL的描述 |
| 4.3 小结与讨论 |
| 4.3.1 小结 |
| 4.3.2 讨论 |
| 第5章 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（8）ERFⅦ调控黄瓜耐涝性的分子机制解析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 涝胁迫对蔬菜作物形态结构的影响 |
| 1.1.1 涝害对蔬菜作物地下部分的影响 |
| 1.1.2 涝害对蔬菜作物地上部分的影响 |
| 1.2 涝胁迫对蔬菜作物生理生化的影响 |
| 1.2.1 涝胁迫对蔬菜作物光合作用的影响 |
| 1.2.2 涝胁迫对蔬菜作物抗氧化系统的影响 |
| 1.2.3 涝胁迫对蔬菜作物内源激素的影响 |
| 1.3 蔬菜作物对涝渍胁迫的响应机制 |
| 1.3.1 生理响应机制 |
| 1.3.2 分子响应机制 |
| 1.4 乙烯及其激活的信号通路对植物耐涝的调控 |
| 1.4.1 乙烯及其生物合成 |
| 1.4.2 乙烯信号转导途径 |
| 1.4.3 ERFⅦ及其参与的植物耐涝调控网络 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 第二章 黄瓜ERFⅦ响应淹涝胁迫的初步研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 试验材料 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 材料处理与取样时间 |
| 2.3.2 淹涝处理下Zaoer-N表型观察 |
| 2.3.3 下胚轴不定根切片观察 |
| 2.3.4 ACC含量的测定 |
| 2.3.5 乙烯释放量的测定 |
| 2.3.6 RNA提取与浓度测定 |
| 2.3.7 反转录cDNA的合成 |
| 2.3.8 引物设计及qRT-PCR表达量分析 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 不定根是黄瓜响应涝胁迫的主要形态适应机制 |
| 2.4.2 乙烯参与涝胁迫诱导不定根形成 |
| 2.4.3 ERFⅦ基因在涝胁迫下的表达分析 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 涝胁迫条件下CsERF7-4的功能解析 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 材料处理与取样时间 |
| 3.2.2亚细胞定位 |
| 3.2.3 CsERF7-4基因的RNAi载体构建及黄瓜转化 |
| 3.2.4 转基因株系的表型观测 |
| 3.2.5 转35S::iCsERF7-4干扰载体植株相关基因的表达分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 CsERF7-4转录因子定位于细胞核中 |
| 3.3.2 35S::iCsERF7-4干扰载体构建 |
| 3.3.3 转35S::iCsERF7-4干扰载体植株的获得 |
| 3.3.4 转35S::iCsERF7-4干扰载体植株表型观测 |
| 3.3.5 转35S::iCsERF7-4干扰载体植株相关基因的表达分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 Zaoer-N CsERF7-4 RNAi株系转录组测序及差异基因分析 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 材料处理与取样时间 |
| 4.2.2 转录组测序 |
| 4.2.3 转录组数据处理 |
| 4.2.4 基因表达量的分析与注释 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 转录组数据情况汇总 |
| 4.3.2 差异表达基因筛选 |
| 4.3.3 差异表达基因的GO功能富集分析 |
| 4.3.4 差异表达基因的KEGG功能富集分析 |
| 4.3.5 基于转录组数据的CsERF7-4基因下游候选基因挖掘 |
| 4.3.6 转录因子相关基因 |
| 4.3.7 转录组数据的验证 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 糖代谢对于Zaoer-N植株不定根发育以及植株生长的作用 |
| 4.4.2 激素对于Zaoer-N植株不定根发育以及植株生长的作用 |
| 4.4.3 抗氧化机制对于Zaoer-N不定根发育以及植株生长的作用 |
| 4.4.4 细胞壁形成相关基因对于Zaoer-N植株不定根发育以及植株生长的作用 |
| 第五章 转录因子CsERF7-4调控CsARN6.1转录表达的研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 试验材料 |
| 5.3 试验方法 |
| 5.3.1 探针合成与标记 |
| 5.3.2 形成蛋白-探针复合物 |
| 5.3.3 制备凝胶及蛋白电泳 |
| 5.3.4 转膜 |
| 5.3.5 紫外交联 |
| 5.3.6 检测 |
| 5.4 结果与分析 |
| 5.5 讨论 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（9）棉花成花素GhFT及受体14-3-3蛋白家族调控开花的功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要缩略词 |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 植物成花素基因FT的研究进展 |
| 1.1.1 “成花素”的提出和证明 |
| 1.1.2 植物成花素蛋白FT的作用机制 |
| 1.1.2.1 FT互作蛋白的研究 |
| 1.1.2.2 FAC的形成机制及功能 |
| 1.1.3 FT基因的功能 |
| 1.1.3.1 FT基因功能的多样性 |
| 1.1.3.2 FT启动子的研究进展 |
| 1.2 植物14-3-3蛋白的研究进展 |
| 1.2.1 植物14-3-3蛋白概述 |
| 1.2.2 14-3-3蛋白的功能及机制 |
| 1.2.3 14-3-3蛋白在棉花中的研究 |
| 1.3 棉花功能基因组学研究进展 |
| 1.3.1 棉花基因组研究 |
| 1.3.2 PEBP基因家族在棉花中的研究进展 |
| 1.4 CRISPR/Cas9技术 |
| 1.4.1 CRISPR/Cas9技术的概述 |
| 1.4.2 CRISPR/Cas9技术在棉花中的应用 |
| 1.5 研究意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 载体 |
| 2.1.3 菌株 |
| 2.1.4 试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 植物RNA的提取和cDNA的合成 |
| 2.2.2 实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR) |
| 2.2.3 CTAB法提取植物的DNA |
| 2.2.4 棉花14-3-3(GRF)基因的全基因组查找与生物信息学分析 |
| 2.2.5 陆地棉GRF基因家族的表达分析 |
| 2.2.6 目的基因的扩增与回收 |
| 2.2.7 大肠杆菌DH5α超级感受态的制备与转化 |
| 2.2.8 质粒提取 |
| 2.2.9 农杆菌LB4404和GV3101感受态的制备与转化 |
| 2.2.10 载体的构建 |
| 2.2.11 Y2H实验 |
| 2.2.12 BiFC实验 |
| 2.2.13 农杆菌介导的拟南芥遗传转化 |
| 2.2.14 Y2H文库的构建与筛选 |
| 2.2.15 转基因拟南芥的筛选与鉴定 |
| 2.2.16 棉花VIGS实验 |
| 2.2.17 农杆菌介导的棉花遗传转化 |
| 第三章 陆地棉成花素基因GhFT调控棉花开花的功能分析 |
| 3.1 结果与分析 |
| 3.1.1 棉花FT启动子启动GhFT的表达,可部分互补ft-10晚花突变体的表型 |
| 3.1.2 沉默GhFT导致棉花开花延迟并使株高增加 |
| 3.1.3 利用CRISPR/Cas9技术编辑GhFT基因导致棉花开花延迟并改变株型 |
| 3.1.3.1 基因编辑载体35S:Cas9-GhFT构建成功 |
| 3.1.3.2 棉花的遗传转化及鉴定 |
| 3.1.4 GhFT互作蛋白的筛选与鉴定 |
| 3.1.4.1 诱饵质粒pGBKT7:GhFT成功构建 |
| 3.1.4.2 诱饵质粒pGBKT7:GhFT的对酵母菌株无毒性 |
| 3.1.4.3 诱饵质粒pGBKT7:GhFT在酵母菌株中无自激活现象 |
| 3.1.4.4 cDNA文库的筛选 |
| 3.2 讨论 |
| 3.2.1 棉花FT启动子活性随长度而变化 |
| 3.2.2 陆地棉GhFT基因调控棉花的开花时间和株型变化 |
| 3.2.3 陆地棉GhFT互作蛋白种类的多样性 |
| 3.3 小结 |
| 第四章 棉花14-3-3(GRF)基因家族的鉴定及调控棉花开花的功能分析 |
| 4.1 结果与分析 |
| 4.1.1 棉花GRF蛋白的鉴定、特征和染色体定位 |
| 4.1.2 棉花GRF基因家族的氨基酸比对及进化分析 |
| 4.1.3 棉花GRF基因结构及motif分析 |
| 4.1.4 棉花GRF基因的共线性和重复基因分析 |
| 4.1.5 棉花GRF启动子顺式作用元件的预测 |
| 4.1.6 陆地棉GhGRF基因的组织表达多样性 |
| 4.1.7 GhGRF基因家族响应4℃、37℃、盐和PEG6000模拟干旱条件下的胁迫应答 |
| 4.1.8 陆地棉GhGRF3/6/9/14/15蛋白与GhFT和 Gh FD相互作用 |
| 4.1.9 沉默陆地棉GhGRF3/6/9/14/15影响棉花的开花时间 |
| 4.1.10 异位过表达GhGRF3/6/9/14/15基因影响拟南芥开花 |
| 4.1.11 获得Gh GRF15 基因编辑和过表达转基因棉花植株 |
| 4.2 讨论 |
| 4.2.1 棉花GRF基因家族的功能存在保守性和多样性 |
| 4.2.2 棉花中GhGRF3/6/9/14/15与GhFT和GhFD蛋白形成的多种FAC |
| 4.2.3 通过GhGRF3/6/9/14/15形成的FAC促进或抑制棉花开花 |
| 4.3 小结 |
| 第五章 结论、创新点及展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 石河子大学博士研究生学位论文导师评阅表 |
（10）陆地棉自然群体纤维强度性状的全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料及种植方法 |
| 1.2 表型测定与分析 |
| 1.3 纤维强度性状QTL定位 |
| 1.4 候选基因分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 陆地棉纤维强度表型分析 |
| 2.2 全基因组关联分析及纤维断裂比强度QTL |
| 2.3 纤维断裂比强度候选基因挖掘 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
四、Analysis of Functional Genes for Cotton Fiber Development（论文参考文献）
- [1]二球悬铃木表皮毛发育调控基因PaTCP4、PaTCP15和PaNAC089的功能分析[D]. 邵长生. 华中农业大学, 2021
- [2]基于BSA-seq法的纤维衣分相关候选基因的鉴定[J]. 赵岩,冯加加,肖向辉,黄晋玲,卢全伟,渠云芳. 植物遗传资源学报, 2021(06)
- [3]棉花纤维发育相关基因GhGRAM31和GhTCP15的克隆和功能分析[D]. 叶峥秀. 华中农业大学, 2021
- [4]多组学数据揭示棉花纤维发育转换期的遗传调控机制和重要代谢物[D]. 李中华. 华中农业大学, 2021
- [5]利用多组学解析野生稻驯化成栽培稻的基因表达模式变异[D]. 宋玥. 中国农业科学院, 2021
- [6]番茄短节间形成的相关基因挖掘[D]. 杜海东. 河北科技师范学院, 2021
- [7]聚天冬氨酸保水剂对土壤微生态的影响及其降解菌的分离鉴定[D]. 刘文龙. 塔里木大学, 2021
- [8]ERFⅦ调控黄瓜耐涝性的分子机制解析[D]. 王凯旋. 扬州大学, 2021(08)
- [9]棉花成花素GhFT及受体14-3-3蛋白家族调控开花的功能研究[D]. 桑娜. 石河子大学, 2021(01)
- [10]陆地棉自然群体纤维强度性状的全基因组关联分析[J]. 贾冰,马建江,宋吉坤,裴文锋,吴嫚,臧新山,张金发,陈全家,于霁雯. 中国棉花, 2021(04)